惠州城，东、西、北三面环水，南面又有飞鹅岭作为屏障，加之城墙非常坚固，易守难攻，故称‘东江锁钥’，有人因此赋诗曰：
铁链锁孤舟，白鹅水上浮，任凭天下乱，此地永无忧。”
肖毅分析惠州城难攻的原因时说，第二次东征时，杨坤如共有官兵五千余人，他将其分为四个旅，其中两个旅固守惠州城，其余一个旅留守惠阳，另外一个旅驻守惠州与惠阳之间。可以说，当时杨的部队装备相当精良。
10月10日，蒋志清、周主任等率东征军总指挥部人员由石龙乘船到博罗。11日东征军中路攻城军进入惠州城郊，其中第二师第四团占领下角庄附近，负责攻北门（朝京门）；第三师占领上马庄、下马庄、飞鹅岭，负责攻西、南各门。
10月13日9时30分，蒋志清下达攻城命令，顿时东征军的火炮流星似地飞向惠州城。
当天下午2时，何应钦见北门城墙已被东征军的炮火轰塌多处，便迅速下达强爬城墙的命令。恰好这时，未被炮火摧毁的城墙内隐蔽的机枪眼，对爬至半腰的东征军进行疯狂扫射。
这样一来，敌人很快就打退了东征军的第一次爬城进攻。下午5时30分，包括团长刘尧宸等多名将士不幸中弹阵亡，东征军损失惨重，何应钦只好下令停止进攻。
当天攻城失败后，蒋志清趁夜幕降临之际独自在阵地转了一圈，他一回到总指挥部便向周主任提出了东征军准备放弃惠州城、改攻海陆丰的主张。周主任对此提出了强烈的反对意见，坚持要继续攻打惠州城。为此，周和蒋进行了激烈的争论。”
10月14日11点，蒋志清、周主任来到惠州城下。
悲痛的士兵把团长抬出战场，他没有恢复知觉，牺牲了。大本营里笼罩着一片沮丧情绪。蒋志清板起面孔，紧锁双眉，不停地踱来踱去。他在考虑取消整个惠州战役的问题。
第一军政治部周主任默默地思忖。他有点心绪烦乱，凝视着蒋志清，突然开口说：
“为了振作我军的士气，现在无论如何要把战斗进行到底，直至取得胜利。”
蒋志清一面听、一面不停地啧啧到：
“弹药都快打光了，除了储备量，各部可用来进攻的并不多。与其失败，不如放弃强攻，或者推迟五天，等从羊城运来炮弹和弹药。”
“不行。敌人可能在这段时间给要塞增援部队，此番作为仗就更难打了。”周主任斩钉截铁说道。
正说着，一名军官快速来到蒋志清身边，敬礼后递给他一纸电报。
蒋志清接过看着，出乎所有人意料，一种信心十足、坚毅般微笑出现在他的脸上。
“中正兄，别来无恙！本欲在羊城与兄会面，闻得吾兄正率军征战，畅鹏无暇助战却也有心，将提供火炮和枪支弹药一批，即时起运。预祝中正兄所向披靡、战无不胜，来日再会！再，吾手下一警卫连欲往战场观战，如遇则待之、不遇则由之。再则援助武器弹药一批。。。”
看完电报，蒋志清径直把电报纸收进上衣口袋，没有给在场者或任何谁人传看的意思。如桂系李德林等人一般的感觉，那个西海湾和那位特首在蒋志清的心里总是一个谜，无论怎么也看不穿、想不透、猜不着。。。
他和他的西海湾到底在干什么？有那么强的军事实力却甘愿窝在西海湾那个小小的地盘，连桂系派出一军将紧紧挨着西海湾的廉州黄业兴部赶跑后，西海湾却没有一丁点占据廉州的意思与动作。
今天一纸电报及物资清单又是大手笔：12门克虏伯75火炮、20挺重机枪、100挺轻机枪和数额巨大的炮弹子弹。而且他西海湾方面可几乎什么目的与要求都没提，白白送给了自己。
电报里提及单就派一个警卫连所谓的前来观摩学习，值得花费那么多吗？
“如遇则待之；不遇则由之”这句话仍然那么的神秘，令人难以费解！管他呐，反正那位畅鹏兄一直都是神秘惯了的。
蒋志清保持看着神秘的电报、而带着的神秘笑容，说道：
“打，既然打就打狠一点，所有弹药分发下去，所有炮弹都给我打出去，全线进攻。”
第日，蒋志清站在飞鹅岭炮兵阵地，指挥炮兵射击，炮弹在城墙内频频爆炸。国共两党的军队在猛烈的炮火和机枪火力掩护下，发出起了震耳欲聋的呐喊冲锋声，战士们登上了城墙。
东征军经过30个小时的浴血奋战，终于攻克了号称“固若金汤”的惠州城，党军的旗帜已在惠州城头飘扬。
10月16日，东征军在惠州城举行“攻城阵亡将士追悼大会”。表彰在攻城中阵亡的团长刘尧宸，追认他为中将，抚恤其家属5000银元。
惠州之战的胜利结束，蒋志清率领东征军总指挥部10月20日由惠州启程，于下午抵达平山。正当黄埔东征军前进之际，盘踞海南的军阀邓本殷为策应陈炯明，竭尽全力向羊城进攻。
蒋志清与李济深商议后决定，由李济深率部分兵力回援羊城，而蒋志清率领一个独立旅及两个补充团左右的兵力继续前进。蒋志清见东征军第一纵队、第三纵队进展顺利，调第一纵队第三师为自己所在的第二纵队的前锋。
奉命而来的第三师原属于粤军许济旅，1925年8月26日，羊城国民政府将所属部队一律改编为国民革命军，其中以黄埔军校为骨干的党军扩编为国民革命军第一军，由黄埔军校校长蒋志清兼任军长。
9月20日，由原来的建国粤军第二军军长许崇智第四师师长许济整编成立第三师，编入第一军，由谭曙卿任代理师长。
新成立的第三师训练时间不过一个月，但在东征的战斗中确有上佳表现。
如是在惠州之战时，第八团的敢死队员奋勇进攻，付出了巨大伤亡。10月20日，国民政府发出命令说，第三师代理师长谭曙卿、副师长兼第八团团长陆瑞荣“身先士卒、摧坚破敌，诚不愧忠勇军人之模范，交军事委员会从优议奖，以昭激励”。
布置妥当后，蒋志清遂跟随谭曙卿的第三师推进。27日下午，东征军指挥部到达羊高圩，此地距华阳约20余里，忽然接到前方谭曙卿派通信兵送来一份急报，内称第三师被敌军包围于距华阳10余里的塘湖地区，形势危急。
原来，谭曙卿事先没有探明敌人虚实，也没有作周密部署，更没有开军事会议，贸然率3000多人向华阳前进，结果与叛军林虎部的主力黄任寰、王定华及从廉州撤下了的黄业兴三部人马遭遇。
这股叛军战斗力较强，被广东民众称为“三黄散”由于在广东话中“王”的发音也读成“黄”。“三黄散”发现第三师是孤军深入后立即展开迂回攻击。敌军火力超过第三师数倍，兵力上也占据优势。
战斗一开始，谭曙卿命令第七团、第八团，抢占莲花山的一处高地。但莲花山的高地早已被敌军占领，第八团遭到敌军的猛烈还击，官兵死伤甚众。
谭曙卿命令补充团投入战斗，很快也陷入敌军的包围之中。在向西突围时，补充团团长、周保山及其代理团长车鸣骤等8名连长、8名连党代表和1000多名士兵先后阵亡。战斗开始两个小时后，叛军向第三师合围。
当第三师即将溃退之际，蒋志清立即派陈根去向谭曙卿传达命令，要求第三师无论如何都要坚守阵地。蒋志清也随后立即驰往华阳督战，想要激励官兵阻挡叛军的猛攻。
谭曙卿得令后，亲率部队据守一高地拼死抵抗。但敌人攻势很猛，蒋志清见情况危急，急令陈根向谭曙卿传令:
“凡退却者，不论官兵，一律军法从事。”
但是在优势敌人的强大冲击下，第三师已守不住阵地，一些官兵开始向后溃退。在他们的带动下，连蒋志清的东征军总指挥部里的人也开始逃跑。
看到林虎的部队已经迫近，陈根一面指挥部属对追兵进行阻击，一面背起执意督战不退的蒋志清撤退。
陈根一口气跑出好几里，到达一条河边后，连忙找到了一条船，把蒋志清放在船舱里，飞速划到了河对岸，又拉着蒋志清一直退到了羊高圩附近。
叛军打了一个胜仗，还发现东征军总指挥部所在，便一路追着，情况极其凶险！
就在蒋志清想着“我命休矣！”之时，一阵剧烈的枪声和手榴弹的爆炸声响起，敌军猝不及防被连连打翻在地，紧随其后的敌军以为东征军大队人马即在附近，加之东西南三面都有东征军部队，所以不敢穷追深入，携着战利品向安流方向退去。
如此，陈根和蒋志清才得以在一片凹地里潜藏起来。由于敌情不明也没敢动，直到陈根单身前往找到闻讯前来的古大存接应。
古大存在第一次东征期间曾任国民革命军张民达师战地政治宣传队负责人，后留在五华县领导农民运动，担任县农民协会副会长兼军事部部长，此时正率领农民军奉命配合国民革命军第二次东征。
见到陈根后，古大存立即组织力量护送蒋志清等人到东征军总指挥部会合。
对此，蒋志清曾感慨地回忆说:
“终夜思虑不能安眠，明知逆敌绝不敢穷追，而心犹不安，败仗对于精神之影响如此也。”又说:“凡至忧患之时，见有舆情喁响，聊堪自慰。廿七之夕，如无土人前导，其有幸耶？”
安顿下来后，蒋志清马上将第三师收集溃散的部队加以整顿，并组织反击。
他写了一封信，命陈根火速交给何应钦。陈根于深夜经过崎岖的山路，至第二天正午才找到何应钦，报告华阳方面第三师失利的情况，何应钦立即派了第一团去接蒋志清。为此陈根累得一连睡了两天两夜。