按照大明的制度，哪怕是总督这样的地方大员，属下有品级的官员也没有多少，如何处理庞大而繁杂的事务，只靠总督一人肯定不行，所以每一个总督都会自行招募许多的幕僚，协助自己处理各项事宜。
各个督抚手下，都有许多这样的幕僚，多是功名无望的读书人。陈越在南京时，原本也有许多士子想到他的麾下任幕僚，可惜陈越后来在媚香楼的举动，得罪了整个复社，方名夏甚至做了一出类似桃花扇的戏曲，来讽刺陈越，这使得陈越在南京士林名气极差，竟然没人肯为他效力。当然，陈越也不准备用这些除了嘴炮屁都不会的读书人，他要的是真正有能力的人，而不是读了几本诗书只会舞文弄墨之人。
余枫林给陈越勾画的幕府则是一个很是复杂的机构，竟然和官府机构极为类似，要比招募几个幕僚帮着处理事务负责无数倍。
按照余枫林的规划，整个幕府分为战训、参谋、敌情、镇抚、军械、后勤六个司，分别管理下辖军队所有事情。竟然比照府县六曹设置幕府体系。而陈越又按照自己的理解，参照后世军队的机构，给各司设计增加了独有的职能。
战训司负责士兵的招募，以及所以新募士兵的训练，训练周期为三个月，完成训练的新兵再编入各军。有了战训司，就把陈越辖下所有军队的募兵权收了上来，所有将领无权自行招募军队，士兵的缺额只能由都督府统一补充，如此有利于控制下辖军队。
参谋司顾名思义，就是参赞军务，战时负责制定作战计划，平时测量各地地形制作地图，行军时制定行军路线日期等等。战争从来就是复杂的事务，设计到的方面极多，天时地利人和这些只是大而笼统的概念。
而实际上一条河流突然涨水就会导致一支军队延迟一日乃至数日到达指定的战场，从而导致一场战事的失利。一场突入其来的暴雨就会使得骑兵陷入绝境，就会使得弓弦松软，使得火铳无法发射，从而影响战争的胜负。
对于战争天赋极高的名将来说，也许这些都不成问题。可是对于资质普通的将领，有了参谋司的筹谋，至少可以避免很多失误，也就增加了胜利的可能。而战争，往往比的就是交战双方谁犯得错误更少。
陈越自认不是名将，虽然从军一年多，可对战争还是一知半解，也就靠着超前的见识打了一些胜仗。可他打的也多是小规模的战役，遇到的也多是如高杰、刘良佐这样的“名将”，并未和这个时代真正的强军交手。
而按照原本的历史，不到一年，满清主力就会南下攻明。而八旗兵，可以说是这个时代最强的军队了吧，军队里多是征战沙场多年强兵悍卒，都是职业军人，组织力强大，士兵的个人战力更是惊人。
面对这样的强敌，陈越并没有一点把握能够对付，他也不认为自己的领兵能力指挥作战会比多铎阿济格这样的打惯了仗的悍将要强。
若何才能战而胜之，如何才能取长补短，自然要靠更为先进更为完善的制度。所以，陈越对参谋司寄予厚望。
敌情司故名思义，自然是负责探查敌情。在战场上，能准确的探得敌方的情报做到知己知彼极为重要，关系到军队能否取得胜利。当然，在每一支军队中都有夜不收这样的编制，负责的就是探查敌情。
而都督府的敌情司职能超越了一场战斗探查敌情这么低级的任务，而是要在战斗未发生前，就要往敌方派出敌情人员，打探敌方的一切情报，兵力、布防、将领名字爱好等等，必要时还要担负着收买暗杀这样的任务，同时要防范敌方人员渗透。
按照陈越的了解，满清就经常采用收买明军将领、劝降这样的手段，不得不防。所以敌情司还有一个不能说的职责，就是监控己方重要将领！防止己方人员被敌方收买，甚至叛变。
在以前，是锦衣卫负责这样的职责，可是如今，锦衣卫只是初建，根本担负不起这样的重任。虽然现在的锦衣卫指挥使是陈江河，可毕竟锦衣卫是皇帝的亲军，名义上并不归陈越指挥。也许有一日，崇祯就会把锦衣卫交给他人，陈越不能把平南军的前途寄予不受控制的锦衣卫的身上。
镇抚司，自然是负责军纪，镇压军中贪腐之军官，负责军中秩序，战时负责督战，战斗中记录将士的战功。在明军中就有镇抚这样的职位，按照余枫林的筹划，在都督府有镇抚司，各营中也设有镇抚官，而各营的镇抚官受镇抚司直领，对镇抚官的工作，各营主将无权过问，更无权任命镇抚。
军械司负责军中所有武器军械之补充。新成立一支军队，不是招募几万士兵就可，要给他们配备铠甲武器。新成立的军队士兵个人战斗力不如敌军，经验不如敌军，各方面比八旗兵这样的军队都相去甚远，如何能守住江淮，只有在装备上下功夫。
虽然说士兵的装备要由朝廷负责兵部补充，可以兵部的效率兵部官员的贪腐程度，陈越根本就不敢指望兵部提供的武器铠甲。要负责武器的打造、修缮、保养，下面会设弓弩司、火铳司、火炮司、甲衣司等各个分司，计划征调南京有名的工匠填充军械司，在扬州直接开始工坊打造各种兵器。当然在平南军中，原来就设有将作营，也有几十位工匠，能制作一些军械，不过靠他们为数万大军提供军备，则远远不够。
一支庞大的军队事务极其繁杂，要想让士兵们安心训练打仗，自然要做好一切后勤工作，粮食蔬菜的补给，膳食的制作，营房的搭建，辎重的管理等等。当然，在每个营中，都会有一定数量的辎重兵，专门负责这些工作，不过各营物质的调配，则由后勤司负总责。