日军攻占南昌后，东到鄱阳湖东南岸，南至向塘，西在高安、奉新、武宁一线与华国第9、第3战区保持对峙。
国民政府军事委员会判断日军虽占领南昌，但消耗较大，尚未整补，守备兵力不足。
决定乘日军立足未稳时举行反攻，同时令各战区发动“四月攻势”，袭扰、牵制日军，防止日军继续向西进攻长沙。
上峰命令第9战区和第3战区策划反攻南昌。
反攻兵力预定为第9战区的第1、第19、第30集团军以及第3战区的第32集团军，一共大约10个师，由第19集团军总司令统一指挥。
4月17日，上峰将自己的《攻略南昌计划》电告第3战区，并征求意见。
作战方针是：“先以主力进攻南浔沿线之敌，确实断敌联络，再以一部直取南昌。攻击开始之时机，预定4月24日。”
其兵力部署的主要内容为：
“第1集团军第19集团军及第74军分别经奉新、大城地区向修水至南昌间南浔铁路挺进，彻底破坏交通，断敌增援，并协力攻略南昌。”
“第19集团军第49军逐次推进至高安，为总预备队，第32集团军以3个师的兵力由赣江以东进攻南昌，并组织1个团的部队，以奇袭手段袭取南昌。第30集团军基进攻武宁。”
4月18日，第3战区司令长官复电国民政府军事委员会，对兵力部署提出自己的建议，稍有变动，强调进行奇袭及“破坏、扰乱敌之交通及后方”，“切断敌之联络线”，并认为“攻击时间应提前，从速实施，至迟须在22日左右”。
4月21日，第9战区的部队首先开始行动。第1集团军以第60军第184师和第58军新10师进攻奉新，以第58军新11师监视靖安日军。
以第74军主力进攻高安，以第74军及第49军各一部北渡锦江，进攻大城、生米街。
两军激战至26日，日军退守奉新、虬岭、万寿宫一带。
国军第19集团军攻克大城、高安、生米街等据点，之后的攻击进展困难，攻击频频受阻，两个集团军的部队均未能按照作战计划推进到南浔铁路。
第3战区的第32集团军以第29军第16师、第79师、预备第5师及预备第10师之一部于4月23日渡过抚河，进攻南昌。
至26日时，攻克南昌南面的市汊街，向南昌逼近。
27日，日军集中第101师团主力实施反击，在猛烈炮火及航空兵火力的支援下，与华国军队在南昌东南、正南郊区展开激战，反复争夺该地区内的各村庄据点。
国民政府军事委员会限于5月 5日攻下南昌的命令下达后，第9战区代司令长官认为：
“以南昌防御战后尚未得到补充且武器装备又远逊于敌的部队，对武器装备占绝对优势而又依托防御工事的敌人进行攻坚作战，不可能按主观决定的时间攻下南昌。”
但第9战区代司令长官不敢直接向国民政府军事委员会提出不同意见。
5月3日第9战区代司令长官致电原长官陈述自己的看法：
“查南昌、奉新方面之攻击，自4月23日开始，已11天。”
“因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战，因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。”
“现我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。”
“故此次南昌之攻击，即在消耗敌人、避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。”
“现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月 5日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。”
“除严令各部排除万难、不顾一切继续猛攻外，拟恳与上峰通电话时，将上述情形婉为陈明。”
原长官于5月 5日将第9战区代司令长官的电报全文转呈国民政府军事委员会。
国民政府军事委员会参谋长对限时攻克南昌的命令也认为不切实际，5月 5日也致电国民政府军事委员会，婉转地提出不同的建议。
他说：“我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效，今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力。”
“为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理。在外则仍宣传积极攻略……”
两封电报的用意，都是“以子之矛，攻子之盾”，以作战指导不符合战略方针为理由，希望国民政府军事委员会改变限期攻克南昌的命令。
1939年5月6日下午，陈安宝率领第79师进攻南昌附近的莲塘，日军第101师团在重炮和飞机的协同下发动反击。
前来增援的第116师团也在近郊加入反攻，从莲塘等方面夹击第79师等部，战斗非常惨烈，国军很快全线溃退。
陈安宝的卫士死伤散尽，他因为负重伤，跑不动，在莲塘姚庄稻田里的一条田埂上，不幸被敌机扫射中弹，伤及心脏壮烈殉国，时年48岁。
国军第26师一鼓作气迅猛攻击，快速推进至莲塘日军机场，毙敌数千名，焚毁日机3架，所部第155团也于5日9时突进至火车站。
南昌日军大为震惊，急忙将眷属及后勤物资向九江转移，然而，就在攻城计划即将展开之际，形势却发生了逆转。
国军第29军军长陈安宝及所部被日重兵包围，26师师长闻讯，置自身安危于度外，亲率第26师前往营救。
当26师赶到时，陈安宝已经壮烈殉国。26师师长只能强忍悲痛指挥26师后撤，途中与日军遭遇，大腿被流弹击中，血流如注。
参谋长急忙为26师师长包扎，并指挥26师官兵突围，大呼：“我26师官兵拼死也要将司令护送至安全地带！”
第26师是26师师长用心培植起来的嫡系主力，旅、团、营、连长大多是他的老部下。
第26师将士们前仆后继，呐喊着奋勇向前冲击，从日军阵地上凿出一条血路，与前来接应的第76旅会合，终于化险为夷。
第29军参谋长和第26师师长根据战场实际情况，知晓已不可能完成攻占南昌的任务。
为避免部队被全歼，冒被国民政府军事委员会负责人枪毙的风险，决定率部向中洲尾、市汊街突围。
预备第5师便衣队潜入南昌城中1个团，因无后续部队接应，被迫撤出城外。
傍晚时分，潜伏在神龙潭的80个马仔，按照温暖的命令启动早已布置好的重炮阵地，向追击第29军的日军实施炮火覆盖。
追击日军在毫无遮挡的野地里被40门155毫米重炮覆盖，死伤惨重，恼羞成怒的日军，朝着炮弹袭来的方向搜索前进。
随着马仔们不间断地急速发射，155毫米重炮逐渐地显现出巨大的破坏力。
日军认为神龙潭附近的山地里藏有大量的国军士兵，这是集团军以上的国军部队才能拥有的火炮力量。
日军集中了南昌大部分的力量进入梅岭峡谷，日军前进途中，马仔们的重炮如影随形地轰炸不停，跟随日军前进的火炮首先被密集轰击重点照顾。
日军大炮被大量摧毁，指挥官暴跳如雷，命令日军加快速度向神龙潭方向全速推进。
马仔们摧毁日军远程重炮火力后，温暖命令40个马仔继续使用重炮攻击前来敌人的主力部队，另40个马仔伏击日军的先头搜索部队。
此时夜幕已经降临，夜晚、山地对于马仔们来说无异于白天和平坦大道，隐秘而快速地移动。
日军几十人的搜索队几乎在半分钟之内就被40个伏击的马仔用mG34机枪疯狂扫射打倒，日军搜索队被马仔们快速地消灭了一支又一支。
日军见几十人的小队都全军覆没，就开始使用中队级别的搜索队。
两百多人要一下子全部杀光可不好搞，40个马仔改用82毫米迫击炮轰炸。
一分钟之内发射1200发82迫击炮弹后转移阵地再来1200发，使用山寨系统地图的马仔基本四分钟之内就能报废一个鬼子中队。
一个小时过后，进攻日军的重火力被马仔用155毫米“长腿汤姆”加农炮摧毁余烬，轻步兵又被迫击炮炸得损失惨重。
死伤近万的鬼子癫狂了，数万鬼子散开从四面八方向神龙潭方向攻击前进。
此时155毫米加农炮就不如82迫击炮好用了，回收155毫米加农炮，连炮弹壳都回收得干干净净。
80门82迫击炮游动轰击，马仔们开始和鬼子捉迷藏，日军围攻神龙潭的部队较之前损失更大。
至凌晨3点时，五万围攻神龙潭的鬼子只剩两万余，没有见到一具敌人的尸体，好像在和夜魔作战。
黑暗中的日军又累又恐惧，再也没有了开始进攻时的心气。
凌晨四点，梅岭峡谷剩下不到一万的鬼子终于崩溃了，狼狈地逃出山区，拼命向南昌市区转进。
期间又被马仔们炮决了两三千人，不到七千鬼子最终逃回南昌城里龟缩。
眼看天色将亮，温暖也命令马仔们打扫战场，给还有气的鬼子补枪，用山寨系统回收战场上有价值的物资。
5月7日上午，上峰收到独立纵队发来歼灭四万日寇的战报，长出了一口气。
南昌会战打得拉跨，没有独立纵队两次大捷的话难于向民众交待。
预备第5师及28师78旅，在南昌市东遭到敌人猛烈的反击，伤亡三分之一，撤至瑶湖附近休整。
第9战区代司令长官电告国民政府军事委员会：
“查安宝南浔苦战，迭挫凶锋，今安宝忠烈殉国，伤悼至深，敬请重恤。雨卿重伤，敬请优奖，职指挥无方，南昌未克，而丧我忠良，敬请重罚”。
5月9日国民政府军事委员会下达了停止进攻南昌的命令。日军此时亦因损失严重，无力出击，南昌会战结束。
南昌会战，华国合计损伤兵力余人，死亡兵力余人，日军合计损伤兵力余人，死亡余人，损伤比例1:1，彻底改变了历史时空19：1的死亡比。
南昌会战是正面战场进入相持阶段后中日军队的首次大战，也是武汉会战的自然延伸及以后一系列会战的前奏。
南昌会战，华国军队既未能在防御中守住南昌，也未能在反攻中夺回南昌，但它在军事、政治上却有着积极的影响。
南昌会战表明日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能歼灭华国军队的主力，更没有摧毁华国广大军民的抗战意志。
华国军队不仅继续进行抗战，而且还开始实施战役范围的反攻。
这是“七七”事变以来抗战事业的新发展，同时也证明国民政府军事委员会在战略指导上已有改单纯防御为攻防兼顾的战略意图。
南昌失守使得第3战区与大后方的联络陷于困境，军事补给只能依赖浙赣两省的公路线，使东南各省未沦陷地区的处境更加困难。
南昌会战给以后的作战也带来了深刻的经验教训，华国官兵不怕牺牲、殊死作战的精神，也为南昌会战以后的抗日战争起到了模范作用。
反攻南昌虽未成功，但主动反攻的行动表露了国民政府军事委员会在战略指挥上有了某种进取意识。
同时，也暴露出国军抗战战略战术的弊端：“一味打简单阵线防御缺少纵深的阵地战，轻视运动战和游击战，这和优势装备的敌人抗衡屡屡吃亏。”
决心放弃南昌，后又转入积极反攻，这是基于掌握战争主动权，对此应予肯定。
上峰在口头上一再声称：“不复与敌人作一点一线之争夺，我军作战之方略在消耗敌人而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的”。
但在反攻南昌作战中，当奇袭未能成功变成阵地攻坚战时，上峰又不顾战场的实际情况了，仍限令于5月 5日前攻下南昌。
以致不仅南昌未能按上峰的主观愿望攻克，而且还让国军遭受大量不必要的伤亡，可见上峰说到和做到还是有很大距离的。