第2次巫师战争
伏地魔与食死徒
神秘事务司之战后，伏地魔收编了巨人，蜘蛛，狼人和离开了阿兹卡班的摄魂怪，公开对巫师界宣战，并开始大张旗鼓地筹划谋杀与袭击麻瓜世界。第2次巫师战争（Second wizarding war）正式爆发，新任魔法部部长斯克林杰虽然比前任福吉更加积极，但是仍然报喜不报忧地粉饰太平，使得食死徒一方不断占据上风。在这期间伏地魔还亲自杀害了魔法法律执行司的司长阿米莉亚·博恩斯。
随后，作为对卢修斯夺取预言球任务失败的惩罚，伏地魔放任卢修斯被关进阿兹卡班并逼迫德拉科·马尔福成为食死徒，被指派成为潜伏在霍格沃茨魔法学校内部的间谍，伏地魔命令他择机刺杀邓布利多，以此来为他的父亲卢修斯“赎罪”。
德拉科修好有求必应屋内的消失柜，在1997年6月30日夜里成功将7名食死徒绕过学校的防御咒语偷渡到霍格沃茨校内。在紧接着的天文塔之战中，德拉科使用魔法打掉了邓布利多手中的老魔杖（其实是邓布利多故意不做抵抗），而邓布利多随后被西弗勒斯·斯内普用杀戮咒击落天文塔身亡（这也是邓布利多和斯内普之间预谋好的计划）。
在将自己唯一畏惧的敌人除掉后，伏地魔再次制造了一场阿兹卡班的大规模越狱，将神秘事务司之战和天文塔之战中被俘的食死徒全部救出。他将马尔福庄园作为总部，公开杀害了霍格沃茨的麻瓜研究课教授凯瑞迪·布巴吉，并将她喂给了自己的宠物蛇纳吉尼，又绑架了魔杖制造师加里克·奥利凡德。
在得知自己原来的魔杖因为杖芯相同的原因无法用来杀死哈利·波特之后，伏地魔将卢修斯·马尔福的魔杖据为己有。当得知凤凰社在1997年7月27日的夜晚将哈利·波特转移出德思礼家宅时，伏地魔立刻带领食死徒前去截杀，却发现一共有7个哈利·波特（其中6个是用复方汤剂伪装的假哈利）。伏地魔推测哈利一定会由实力最强的人保护，便追击并杀害了凤凰社时任领袖阿拉斯托·穆迪。
这时真哈利因为使用缴械咒无意暴露，伏地魔改变方向追赶过来，但由于哈利的魔杖吸收了伏地魔魔杖的性质，即使更换了魔杖，两人的魔杖依旧产生共鸣，卢修斯的魔杖被摧毁，再换其它魔杖的伏地魔已无法追上。伏地魔回到总部后，开始将失败的愤怒宣泄在奥利凡德身上，急功近利地盘问有关老魔杖的信息未遂。
被统治后的英国魔法部
随后，食死徒成功攻陷魔法部并杀害了魔法部部长鲁弗斯·斯克林杰，控制了整个英国魔法界，开始清查所有麻瓜出身的巫师，同时高额悬赏抓捕头号敌人哈利·波特。占据了战略优势，腾出手来的伏地魔前往德国，在对魔杖制造师格里戈维奇逼供老魔杖的下落未果后将其杀害，随后，伏地魔发现当初从格里戈维奇那里偷走老魔杖的人是巴沙特的侄孙盖勒特·格林德沃。然而当他赶到纽蒙迦德逼问格林德沃时，有信仰的对方守口如瓶，伏地魔将其愤怒杀害。
尽管如此，伏地魔推断因为当年格林德沃败于实力强劲的邓布利多，老魔杖必然在邓布利多手中。他随即赶回霍格沃茨，砸开了邓布利多的坟墓，找到了陪葬的老魔杖。
霍格沃茨魔法学校决战
霍格沃茨魔法学校决战
之后不久，伏地魔得知哈利·波特及其2个同伴混进了古灵阁莱斯特兰奇家族的保险库并盗走了魂器之一的赫尔加·赫奇帕奇的金杯。惊惧又恼怒的伏地魔意识到哈利等人是在精准搜寻他的魂器，且他不明白对方是如何发现魂器的。伏地魔忘记自己当时和哈利的思想相通，在回忆所有魂器藏匿之处时，无意暗示哈利最后一个魂器就藏匿在霍格沃茨魔法学校内。
当伏地魔赶到冈特老宅和岩洞查看时，发现里面的魂器早已不翼而飞。他赶回霍格沃茨，却发现霍格沃茨中包括斯莱特林学院的师生已筹划用计反抗，安插在内的食死徒已被合力击败。伏地魔随即组织了自己麾下的剩余全部兵力，开始攻打霍格沃茨。
然而在霍格沃茨之战初期，伏地魔发现老魔杖并没有比自己原来的魔杖强大，因此私下推敲原因，在此期间他的第4个和第5个魂器也相继被毁。最后他推测是西弗勒斯·斯内普用老魔杖杀死了邓布利多，之后老魔杖只认斯内普为主人，因此他将斯内普招来，并命令纳吉尼将其杀害，认定自己的问题彻底解决而可以完全驾驭老魔杖后。他宣布停战一小时，并要求哈利孤身一人与自己战斗，来保全霍格沃茨所有师生的性命。
此时，哈利通过斯内普的记忆，知道了自己是伏地魔的第6个魂器，为了大义决定牺牲自己的他孤身一人来到禁林面对伏地魔，伏地魔立刻发出杀戮咒攻击哈利。然而伏地魔复活的时候，曾经为了得到哈利身上的爱的保护而抽取哈利的血液，哈利身上那含有莉莉的“爱的保护”的血液同样流淌在伏地魔的体内。因此即使哈利自身的保护咒伴随着哈利的成年而消失，在伏地魔体内的保护咒永远有效，哈利当时自我牺牲的决心触发伏地魔身上那只会保护哈利的保护咒，保护了哈利自己的灵魂不被杀死，而没有受到保护的哈利体内的伏地魔灵魂碎片却被杀死了。至此伏地魔自己摧毁了自己的第6个魂器。
而哈利本人的灵魂在生死之间的阴阳界徘徊后，基于为了自己的亲朋好友而决定向伏地魔复仇的决心，拒绝搭乘死亡的列车，靠意志成功重返自己的躯体内。暂时晕倒后而苏醒的伏地魔立刻命令纳西莎·马尔福前去确认哈利死亡，敏感的纳西莎在验尸时发现哈利微弱的生命体征，并从其得知她的儿子德拉科还活着，就向伏地魔隐瞒了真相，谎报哈利已死，向救过德拉科一命的哈利还了一份人情。
霍格沃茨魔法学校决战
伏地魔以为自己最大的威胁已经被彻底打败，他逼迫鲁伯·海格将哈利的“尸体”带回霍格沃茨示众，并且指挥食死徒进入当时作为英国魔法界反抗军残余聚集地的霍格沃茨高调游行以宣告自己的回归，并强迫所有霍格沃茨的守卫者投降。
这时支持霍格沃茨一方的马人赶到，纳威从燃烧的分院帽内抽出格兰芬多宝剑将大蛇纳吉尼斩首，毁掉了伏地魔的第7个魂器。伏地魔试图杀死纳威，但披上了隐身衣的哈利趁其不备地施铁甲咒拦截了伏地魔的所有魔咒。
此时伏地魔手下的大军已经开始显露败相，食死徒被逐个击倒。当最忠心的食死徒贝拉特里克斯·莱斯特兰奇被莫丽·韦斯莱击毙后，愤怒的伏地魔意图杀害莫丽·韦斯莱，此时哈利现身，开始和伏地魔展开最后的决战。