是夜，窗外一片宁静，隐约可以看到些许暗影。想必是一些夜间行动的神奇宝贝正在活动。本应躺在床上睡觉的少年，此刻却是没有丝毫睡意的坐在桌子前，手转着笔，盯着窗外看，却并不是在看窗外的景色，而是看着镜子中，自己的倒影。
小茂看着自己在昏暗的灯光下，有些模糊的身影。不由自主的轻叹了一口气，这一晚倒是比上辈子的最后一晚要冷清许多……
是的，小茂不是刚到十岁生日，准备获得他的初始小精灵，去一生中最为重要的旅行的小茂，而是已经成为博士，并且取得了许多成就，因事故而亡的十八岁的小茂。
那一晚，小茂正在和他的助手们通宵研究至今未曾破解的，神奇宝贝进化之谜。可在他准备和助手开始进行最为重要的探究实验时。小茂的一个助手突然告诉他，有他的电话。小茂本来是不想去接的，但助手却说，对方自称小智的少年打过来的。
小茂想了一下，便将手上的东西交给了助手，自己走了过去。看着屏幕上，依旧戴着帽子，脸少了婴儿肥，变的清秀了许多。但因为长期的参加战斗，那双黑眸比儿时亮了许多。右肩膀上，小智的初始小精灵，皮卡丘1坐在上面，对着他晃了晃小爪子。轻声的叫道“皮卡丘~”
小茂眼底划过一丝笑意，果然皮卡丘要比他的训练家要更有礼貌一些。“皮卡丘，最近还好吗？”
“皮卡皮卡，皮卡丘！”皮卡丘笑着点了点头。显然小智把他培育且照顾的很好，皮毛看起来异常的光亮。听到小茂过来便和皮卡丘聊了起来，而没搭理自己的小智，不甘心的喊道“小茂，你在搞什么！接个电话还要等这么长的时间！”
“我可不像是你一样要到处乱跑的参加比赛，我要时时刻刻的研究神奇宝贝身上的未解之谜。自然没你那么闲了。”小茂从不放过任何打压小智的机会，这次自然也不例外。
“什么嘛！我哪里是到处乱跑的参加比赛，我可是得过联盟大赛冠军的人啊！”小智不服气的喊道。虽说经过这么久的旅行，使得小智变得成熟了许多。可当他碰到自己这个青梅竹马的好友兼宿敌存在的小茂时，总是压不住那蹭蹭冒出的怒火。
小茂自是知道小智的成绩如何，只是他总是忍不住的打压他，提醒着他世上还有这更为强大的存在，不要因为这点成就就洋洋自得。“难道你大半夜的给我打电话，只是为了炫耀你那再度获胜的消息？”
“哼，我才没那么无聊呢。只是听说你最近在研究小精灵的进化之谜，我突然想起了以前，火箭队曾经强迫过一只特殊的鲤鱼王，进化为红色的暴鲤龙2。虽然当时的道具被弄坏了。但我想，应该会留下一些有用的资料才对。”小智听到大木博士说，小茂正在研究神奇宝贝的进化之谜，便想起了四大天王3渡先生的红色暴鲤龙。想到那只暴鲤龙是被迫进化的产物，必定会给小茂带来些许提示吧。
正因为想到了这点，所以才有了这通电话。而小智不知道的是，在小茂准备研究这个课题时，他便让爷爷帮忙将之前抓捕火箭队，顺手得到的资料给他一份。
大木博士知道小茂的为人，便动用了点关系，将资料拿出来，给了小茂。小茂从中得到了启示，便开始着手研究神奇宝贝的进化之谜。当然，小茂要做的与火箭队做的强行进化不同。他只是想知道，为什么神奇宝贝再进化的过程中发生了什么。基因组成到底是怎样解密的。
他早就知道小智一直都在跟火箭队发生争执，甚至最后将火箭队绳之以法的便是小智。但小茂未曾想过，小智他会因为这件事，而特意的打电话而告诉他。毕竟，在小茂的印象中，小智是那种只记得与比赛有关的事情，至于像是为什么会是红色的鲤鱼王，他应该是模糊的记忆。“真意外，你会记得比赛之外的事。不过谢了，我之前找大木博士将那份资料拷贝过来了。”
小茂从不以自己爷爷的名号去做些什么，对外，他都是直接叫爷爷大木博士，所以在他未成为博士前，许多人都不知道他是大木幸成的孙子。正因为他的成就完全是他脱离爷爷的光环，一步一个脚印走上去的，所以他的爷爷才会那样的自豪。
“别说的我好像是只知道比赛的笨蛋一样。”小智不悦的喊道，他比儿时收敛了许多的好吗？！“如果我是只知道比赛的训练家，那么你就是只知道解密的研究员。”
“听起来比你这个笨蛋训练家好多了。”小茂略带戏谑的笑道。本是打算气死小茂的小智，反而被自己的话给噎的不上不下的，难受至极。
看到小智被噎的说不出话来，因为睡眠不足而显得有些烦闷的心情瞬间好了许多。而看到小茂那略勾起，显得异常好心情的嘴角。小智觉得自己从无数战斗中修来的理智全部都爆表了。咬牙切齿的喊道“小茂，你等我联盟大赛结束之后，一定会回去找你跟你来6VS6的战斗！”
“如果你不介意自己被打击，我是不介意重温一下当宠物小精灵训练家的感觉。”小茂想到之前小智找他私下来的6VS6的比赛中。他以一只小精灵还在场中可以继续参加比赛而获得了胜利。
当时小智的表情，小茂还记得很清楚呢。虽说他成为了神奇宝贝研究员。但对于自己的神奇宝贝，小茂还是很关心的。而这次事件导致的结果便是，小智养成了每次参加完联盟大赛后，回来便找小茂进行6VS6的比赛。而比赛的结果，每次都让小智郁闷到死，小茂总是以一只小精灵险胜！
对于这个结果，小智一直都不能理解，为什么在研究所当博士的小茂总是能赢，名气与渡虽然差了点，却也是最有希望成为四天王的自己！想不明白的小智只能用着他越挫越勇的精神来挑战小茂。
小智听到小茂旧事重提，磨牙的想要说些什么时，小茂的助手突然走了过来，在小茂耳边说了些什么。小茂飞快的对小智说了句“有时间再聊”便挂了电话，和助手去了研究室。
原来，正处于进化中的鲤鱼王的情况有些不对。小茂看向电脑中显示的数据，发现比鲤鱼王正常进化成暴鲤龙的数据有些出入，这是不应该的。神奇宝贝的进化虽然是可以逆转的，但鲤鱼王的进化型已经确定是暴鲤龙了，再者，之前的数据并没有超出正常范围。那是哪里出了问题？
小茂快速的找了一下电脑中鲤鱼王近期的数据，发现刚刚，鲤鱼王的数据高了点。体温数据高了一点，但却没有过正常数据。低烧？此时的鲤鱼王不适合进化，却处在了进化期……按理说鲤鱼王此刻应该可以抑制进化，难道是因为低烧所以要失去控制吗？如果就这样进化的话，对鲤鱼王的伤害是很大的。
该怎么办？小茂看着放在特殊水容器内的鲤鱼王，在心中问道。因为进化中很少会出现过这种情况，小茂一时之间也拿不定主意。最为主要的是，鲤鱼王它到底在想些什么，为什么不压制自己的进化呢？
神奇宝贝的进化，是通过它自身的意愿来进行的。小茂看着闪着白光的鲤鱼王，最后咬牙，拿着小精灵专用的退烧药冲了过去。不管鲤鱼王是不是不肯放弃这次进化的机会，但既然进化目前是不可逆转的，他能做的便是给鲤鱼王吃下退烧药，希望它能够好转。
小茂准备过去，但周围的人却拦住了他，因为鲤鱼王不知何时会进化成暴鲤龙，小茂的行为实在是太过冒险了。
但小茂却顾不了那么多，让他们退到一旁，并将它们研究的资料拷贝出来。他怕暴鲤龙会因为身体的缘故，而暴走毁了这间研究所。
小茂将水容器内的鲤鱼王捞了出来，拉开嘴，将感冒药倒了进去。只是让小茂没有想到的是，鲤鱼王竟然在这个时候进化了。
水容器的破裂，容器内的水四散开来，洒在了四周的设施上，引发出滋滋的声响。小茂还未反应过来，便被一个强大的力量撞到了一个机器上。并忍受了机器爆炸时产生的冲击，当烟雾散去后，之间一只长相凶恶的暴鲤龙悬浮在他们面前。
小茂听着耳边没有消失的噼啪声，小茂做好了最坏的打算，这个屋子内的器械，可能因为刚才或多或少的浇到了水而会爆炸，再者，现在已经被自己撞爆了一个，会引起连锁爆炸这也并无可能。而且，他没观察错的话，暴鲤龙似乎并没有攻击他人的打算，他的目标……是给他喂药的自己！
忍着后背的伤痛，小茂从废墟中站了起来。而暴鲤龙也在小茂站起来的时候，嘴前出现了橙色的像是火光一样的光球。小茂认出，那个是暴鲤龙的绝招，破坏死光。
在暴鲤龙发招的瞬间，小茂向着一旁扑了过去，而他之前所站的地方遭受了第二次的重创，再度爆炸开来。而这个爆炸则引起了其他机器的共鸣。小茂费力的从地上站起来，地上全是他的血。耳边听到助理们的声音，小茂冷静的说道“带着之前保存好的资料出去，我带着暴鲤龙去后山。你们将资料传给我爷爷大木博士后，再回来救我。”小茂深知自己研究出来的资料对于那些心术不正的人来说，是多么大的诱惑。
确定了暴鲤龙的攻击对象是自己后，小茂本想拿出精灵球，为助手们拖延时间。只是将手摸到兜里，却发现什么也没摸到，这才想起。之前自己为了研究，又怕小精灵他们无聊，就将他们暂时寄放在了神奇宝贝中心，进行定期的检查。
无奈之余，小茂挑衅暴鲤龙，让暴鲤龙将研究室的墙打开一个洞，并从洞跑出了研究所，向着森林深处跑去。而暴鲤龙也冲了出去。
助理们相互看了一下，他们手上并没有什么强大的足够打败暴走的暴鲤龙的小精灵，跟上去也只会为小茂增添麻烦。这样想着，他们快速的跑出研究所，向着最近的警察局跑去。
当助理们跑出研究所时，研究所内传出巨大的爆破声，随后，研究所便被一片火光所笼罩。
小茂带着暴鲤龙来到了森林深处，小茂感觉到自己的头有些晕，显然是失血过多造成的。可他不能停下，暴鲤龙的烦躁有可能是跟发烧有关，而水是可以降温的。他记得前面有靠海的地方。
在之后的记忆便模糊不清了，小茂只记得自己好不容易将暴鲤龙引到了海边，并被暴鲤龙使出的撞击撞入海底后便失去了意识。当小茂再度清醒时，他便看到了他儿时的房间。疑惑是怎么一回事的小茂在看到自己缩小了许多的手后愣了一下，随后找来镜子发现，自己回到了五岁刚到爷爷家的时候。突然迷茫了的小茂在浑浑噩噩的度过了两日后，被爷爷告知将要去真新镇上学。
在走神时被老师叫起来回答了一个有关神奇宝贝的问题后，被从小便向往宠物小精灵大师的小智认作了劲敌。看到无论是小时候还是长大后都一直坚持不懈，勇往直前的小智后，小茂突然醒悟。不过是在活一次，难得获得新生的机会，那么要比上一世活的更为精彩一些。比如，将某个只知道比赛的笨蛋追到手。
小茂是喜欢小智的，但奈何小智除了比赛之外，感情这根神经根本就像是失灵一般。而无可奈何的小茂也只能压着闷气的每次都讲小智深深打压着。本着，你喜欢比赛，喜欢挑战，我就站在你前面让你挑战，让你的目光只能留在我身上这种笨却最有效的方法。事实证明，这个方法还算有效，起码小智的目光内除了某些太强大的对手外，便只剩下自己了。可是……他想要的，却一点都没有得到任何回应。
小茂也不知自己为何会喜欢上这个只知道比赛的笨蛋，但是，喜欢若是能说得清，还算是喜欢了吗？或许他是习惯了某个笨蛋家伙在他身后喊着，要打败自己，因此而奋斗的认真模样。这种事，谁又说得清？说的明？
已经做好决定，且确定绝不放手的小茂开始了宿敌培养计划，只是奈何，他明明是以着决斗的名义提前让小智接触神奇宝贝有关的常识，为何他记住的，却是那么的贫乏？难道说，只有实战才会让这家伙成长吗？
实战，成长？难道小智这家伙的恋爱观也需要‘实战’后才能‘成长’？被自己想法惊悚到了，却觉得有理。毕竟，小智认识的女性里，几乎都有伴了。而小智却依旧‘孤零零’的到处跑。
想到某种可能，本是决定要自己单独旅行一阵是在再去找小智回合的小茂，决定他还是跟小智这笨蛋一起旅行吧。一是为了防止这笨蛋做一些超出常理的事情，二是，虽然他们现在还没有成年，但是初恋什么的不得不防！（某忆正色道：请相信我，小智的初恋是皮卡丘！小茂：……）
想好了的小茂，轻巧的将灯关上，从研究室走了出来，悄悄回到了房间，简单的洗漱睡下。睡前愉悦的想到，希望知道自己的决定后，小智那家伙不会太过激动。