在其他各项工作进行的同时, 军队的统计工作也完成了。目前商毅手下一共有正规军二万二千四百五十七人，民兵及少年军八千三百七十八人。另有战马六千五百七十三匹，各种火铳二千零四十八支，大小火炮计三十四门。各种盔甲计有三万四千五百佘件，刀枪盾牌等武器四万五千多件。
而经过了唐镇和孙和斗对士兵们详细解释，成为正式士兵之后能够亨受到的优惠条件，加上这一段时间以来，穆陵军连续获胜，商毅也从未苛刻士军的军饷，有不少士兵都觉得当职业兵其实也不错，而且还有相当一部份士兵和清军有仇，觉得跟着商毅，有希望报仇，因此绝大多数人都想继续当职业兵，纷纷报名。当然也有一部人不想再当兵了。一切都以他们自愿的原则进行。
最终有一万八千七百五十二人愿意继续从军，其余的人，就则都全部转为民兵。而商毅也马上开始着手，对全军的编制进行一番大的整编。
军队的编制方法，在戚继光所著的［纪效新书］里有过详细的说明，现在的明朝军队，也基本都是按照戚继光的方式来编制军队。但商毅显然不打算釆用这种通常模式。
其实就在清军退兵之后，商毅就以经在考虑重新编制军队的问题，他的目地是要把自己的军队，打造成一支全新的军队。因此准备借鉴后世的军队的班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，以表示和这个时代的其他军队的区别。
当然虽然在后世，世界各国几乎是全部釆用班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，但俱体编制的人数，并没有一个定论，不仅是在不同的国家各不相同，而且就是在相同的国家，在不同的时期，也是不一样的。商毅也没有必要去死搬硬套。在这几天的时间里，以经完全考虑成熟了。
因此唐镇和孙和斗将统计出来愿来从军的人数上报给商毅之后，商毅立刻招集全军的主要将领，招开军事会议，并将自己制定出来的建制向众人宣布。
按商毅制定的军队建制，以十人为一班，设班长一名、副班长一名；五个班为一个排，设排长一名，副排长一名；四个排为一个连，设连长一名、副连长一名；四个连为一个营，设营长一名，副营长一名；四个营为一个团，毎个团设团指挥部，团长一名、副团长一名、团参谋长一名，文书二名，团部警卫班一个，由十人组成。两个团为一个旅，三个团为一个师。若干个旅师组成军团或纵队，但目前的建制只到团级为止。而各级军官也都从以前各大队、小队的队长、以及有战功的士兵中选拨。
本来按商毅的想法，还计划引入后世共和国军队的政治委员这一职位，在连、营一级设立政治指导员，团级以及未来的旅、师、军团、纵队设立政委，以加强对全军的政治思想教育和控制，但目前自己手头上缺少有文化并接受自己思想观念的军事人员，另外在大明朝还在的情况下，在军队中设立政治委员这样的职位，也过于敏感了，因此商毅只能暂时取消这个打算，等以后再说。
对商毅这的安排，众将都沒有意见，一来商毅在众将心目中有很高的威信力，他的意见在一般情况下，都没有人会反对。二来在这个时候，天下大乱，军队的编制方式其实也没有一个严格的规定，而团长、营长、连长这类叫法都是各级军官的名称，和官级大小并沒有关系，因此众将虽然都觉得很新鲜，但并沒有什么不妥的地方。
这样一来，全军目前共分为五个团、毎个团的标准人数为三千三百八十三人，可以成为一个独立的作战部队。另有两个独立营，毎个营的标准人数在八百四十二人。
各团的军官人选分别是：一团团长唐镇、副团长蒋义渠、参谋长鲍铜钢；二团团长周少桓、副团长童大勇、参谋长黄震；三团团长成进、副团长成钢、参谋长赵英杰；四团团长王信、副团长赵英豪、参谋尤洪亮；五团团长罗远斌，副团长刘伯涛、参谋长赵拓。
两个独立营分别为骑军营和侦察营，骑军营的营长由杨武丞出任，而侦察营的营长为周琦、副营长为吴汉生，四个连的连长分别是何冲、田楚、张达江和段鹏。
按照商毅的计划，每个团的备配为两个全火枪兵营；一个火炮营，拥有火炮二十到四十门左右，由一个炮兵连操纵火炮，一个铺助连，使用其他火器，另有一个火枪兵连，付责保护火炮，并使用其他火器，一个骑兵连，付责侦察敌军动作，为火炮提供射击方向，另外每一门火炮将配驴马三到四匹，包括有炮车一辆，弹药车一辆；剩下的一个营为后勤营，付责运输物资和后勤保障。
骑兵营为全骑兵编制，每名士兵配两匹战马，作战时会根据战事的需要，临时编入所需要的其他各团中或着独立作战。而侦察营也会根据战事的需要，分散为连排单位，向其他各团提供侦察人员。
当然目前穆陵关的火炮和火枪数量都不足，只能一个一个团来实现，计划将在这一年内逐步补充齐全。这样毎个团将拥有火枪一千八百支左右，超过全团半数，这也是商毅所希望达到的目标，未来自己的军队，将是以火器为主要武器。
因此商毅也要求孙和鼎立刻扩大枪炮房的规模，至少要达到每月制造火枪三百到五百支，火炮十到二十门的水平。同时也要求火药作坊和木工作坊，加紧制造火药、车辆等。
同时商毅又重新制定了军官士兵的饷银标准，士兵被分成三个等级，分别为初级列兵、中级列兵、高级列兵。每月的饷银分别为三两、四两、五两白银。班长是八两、副班长七两，排长十二两、副排长十两，连长为十八两、副连长十六两，营长为二十四两、副营长二十一两，团长为三十两，副团长、团参谋二十七两，文书十两。
当然士兵的饷银支付也是在十两白银以内，可以自选是白银或是米支付，毎石米拆价按二两白银计算，超出十两白银的部份，一率用白银支付。另外士兵所分到的田地的租金，则是全以白银支付。
而士兵的等级划分，暂时以从军时间长短为标准，现在穆陵军的士兵大体分为三类，一是从民团时代是跟着商毅的士兵，这批士兵从军的时间最长，训练最系统也最严格，经历的战斗也很多，经验也最丰富，同时也最受商毅信任，这批士兵现在一共有两千四百多人，新编制的班长、排长等中下级军官有很多都将从他们中间选拔，而其余的也全部都提升为高级列兵。
第二类是在商毅守卫穆陵关时陆续招募，这批士兵从军的时间也不短，经历过一段时间的严格训练，基本都参加过与清军的历次作战，也有相当的作战经验，除了少数立下过一定功劳的士兵提升为高级列兵，其余全定为中级列兵。
第三类就是在守卫济南府时，从难民中招募，也包括一部份原来的青州兵，这类的人数最多，有一万二千多人。都经历过济南战役，也算见过大阵仗，但训练时间不长，基础普遍不足，因此还需要一段时间的严格训练，他们全定为初级列兵。
士兵的分级暂时就是这样确定，商毅本还打算引入后世的士、尉、校、将的军衔制度，但目前的条件还不允许他这样做，因此也暂时只定了士兵的三个等级。而低级的士兵可以通立战功，或者是通过测式，升级为中高级的士兵。商毅规定毎年都会举行一次士兵等级测式，考核通过的士兵，都可以得到晋升一级的机会。
而商毅对军队又做出了另一项大的改变——就是取消了自己军中的跪拜礼节。
来到了这个时代之后，商毅最反感和最不习惯的就是下跪叩头礼节。因为做为现代人，商毅除去在极少数特殊时候，比如祭奠去世的先辈、英烈，或者是结婚庆典这种场合，在其他时候，对无论是什么原因的下跪行为都非常排斥，无论是自己给别人还是别人给自己下跪，或者是看到别人给别人下跪，都很不适应。
在商毅看来，下级对上级下跪，绝对是一种不正常的关系行为。虽然在目前，有些时候他也不得不对别人曲膝下跪，但至少可以取消在自己军队里的跪拜行为。于是将所有的下跪礼节改成了行军礼。而且还是采用立正站好，右手四指伸直并陇，斜指在太阳穴边的后世的军礼。同时也规定，下级给上级敬礼之后，上级必须还礼。
对于这一点，穆陵军的众将都觉得非常意外，因为在他们的观念里，下级给上级下跪，是天经地义的事情。不过商毅取消下跪，只是在本军队中，而且耍说有受损的，反而是商毅自己，既然商毅这么决定，其他人也只有尊行了。