周少桓上任之后，帝国国家机构的最后一块拼图，军事系统也开始了重新组建。不过现在帝国的八大军区，两大舰队都已经组建完毕，因此这一次进行改组的，主要是帝国中央的军事机构，也就是帝国最高的军事系统。
按照商毅的构想，帝国中央的军事机构将分成两个部份：国防部和统战部。国防部的职能是统一管理全国武装力量的建设工作，军队的征集、编制、装备、调动，军事技术的科研开发，军人衔级评定、薪俸制度，军工工厂、军事基地、军事教育机构的建设，并配合皇帝、內阁参与国家重大方针决策的制定，以及对外军事交往活动。但并不负责统帅和指挥全国武装力量的职责。
而统战部的任务正是国防部沒有的，主要的职责是：负责统帅和指挥全国武装力量，平时进行的训练和各种模拟战争的军事演习任务，在发生战争的时候，制定作战计划，以及协调解决各军种间的冲突、衔接、配合等工作。并且向皇帝、内阁的战争决议，提供各种参考依据。
简单的说，国防部是付责军队的曰常政务工作，而统战部就是为战争准备，平时是作为一个国家的参谋部，而在战争时期，就成为全国的作战挥中心。当然在行政级别上，国防部比统战部高，可以参加内阁会议，而统战部是部门级别，相当于内阁直属部门，但却是两个独立的机构，而且接受内阁和国防部的双层领导。
国防部设国防部大臣一名，副大臣两名，以下设政治部、后勤部、装配部、培训教育部、军工科研部、国防战略部六个部门。而统战部设部长一名，下设陆军参谋部、海军参谋部，特种作战部、战术研究部，其中陆军参谋部、海军参谋部兼任统战部副部长。另外还设高级参谋顾问若干。
但由于这两个机构的关系实在太过紧密，缺一不可，因此统战部部长同时也兼任国防部副大臣，而在战争爆发到一定规模的时候，两个部门将合并组成统一国防战争指挥部，全面指挥战争。
但和明朝不同，帝国不搞什么文官节制武将的那一套，因此无论是国防部还是统战部，官员都必须是现役军人出任，而且各部门，各级机构的官员，都必须有相应的军街。但除了国防大臣之外，其他部门都严禁参与国家政治，统战部的官员如果要参加内阁扩大会议，必需要内阁首相同意。
在中国古代，自宋朝以后，统一王朝建立之后，都会对军人进行一糸列的压制，就是怕有人拥兵自重，举兵谋反，一方面使用大量的文官出任军事糸统的职位，另一方面又极力贬低武将的社会地位，如宋朝设置的军事机构枢密院，明朝的兵部，居然禁甴武将出任，武阶的一二品官员的实际地位还不如一个五六品的文官。而且在整个社会都出现一种鄙视军人的风气，结果绝大部份的社会精英都耻于入伍参军，相反大量的无业流民、地痞无赖进入军队，甚致有不少中高层军官都是大字不识几个的大老粗，结果造成了军队素质的严重下降。
当然以皇帝的心态來说，当然是认为武官当然是不识字越多越好，越笨越好，这样也就不会造反了，因此在宋明两代，也确实几乎沒有发生过武将拥兵造反的事件，但却是以牺牲军队的战斗力为代价的。
商毅当然知道，军队是国家构成的主要基础，决不能为了控制军队，而牲牺军队的战斗力为代价，因此在起兵以后，商毅也一直在提高军队的素质、社会地位，和荣誉感，在建国之后，也是如此，最典型的模过于是军人可以以军礼來代替跪拜之礼，这一点在中国古代，是极为特殊的恩待了。
但这并不表示商毅就会对军队放任不管，无限的扩大军队的权力，在帝国的政治结构下，军人可以有很高的社会地位，很强的荣誉感，但在国家的政治领域中，还是应该尽量减少军队参于，除了国防大臣之外，其他军事官负干政是绝对不允许的。中今中外，但凡军队涉及到国家政治中, 都不会有什么好结果，要么是形成以军人为三独裁政府，要么是转变成为军国主义国家。
另外商毅也不可能将全国的军务权利都交给一个部门进行管理，实际上就是将过去的统战部一分为二，成为两个部门，分离出來的国防部主要负任军政，虽然并沒有直接管理军队，但军队的选拔、编制、装配、后勤以及调动都是由国防部付责，而统战部的权力则被大大削弱，只能够管理军队的平常训练和战时的作战事务。最为关建的足，统战部沒有调动军队的权力，而国防部可以调动军队，但并沒有掌握军队。
在各地方的八大军区、两大舰队则是接受国防部和统战部的双重领导，平时的训练、作战都是由统战部付责，而人员编制、武器装配、后勤薪奉等等都是由国防部管理。另外在俱体的运行过程九，国防部下设的后勤部、装配部、培训教育部、军工科研部等等和农业部、商务部、工业部、文教部、科学院也都会有一定做交集，这方面的工作都由国防大臣和其他各部门的大臣协调处理。
而军人的军衔和军职依然保持不变，军衔仍按士尉校将帅，共计十六级，军职则是分班排连营团旅师等，凡是军事糸统的行政人员，都会有相应的军衔，而军职只限于军队的现役军人，当然现在各级军职也都有相应的军衔，因此现役军人和军政人员的等级标准也可以统一起來。
现在军衔最高的，是八大军区和两大舰队的司令官，都是大将军衔，目前还沒有人的军衔晋升到元帅，因此军队各级军官的军衔也就这样确定下來，最高就是大将，而元帅军衔，按照商毅的想法，应该只是作为一种最高的殊荣，在一般的情况下，现役军人是不能被授于元帅的军衔。
不过现在的情况比较特殊，因为在帝国建立的过程中，像周少桓、成进、李定国等人都建立了极大的功劳，理应给予必要的殊茱，因此在适当的时候，商毅也考虑将授于几名现役的元帅，当然这只是在开国时期这种特殊的时期，而在此以后，元帅军衔最多只能在军人退役之后的追加荣誉。不过虽然军衔和官品并不挂勾，但大致的相应对比，还是可以推算得出來的。
同时也明确规定：退役的标准并非是以退出军队，而是指退出整个军事糸统，另外现役的军职人员禁止兼任其他的官方或民间的任何职务。但退役之后，可以沒有这个限制，可以出任官方或民间的任何职务，包括参加各地方的国会议员选举，甚致是参加科举，进入行政系统等。
而在军人退役之后，可以保留军衔，可以在任何公开现合穿军装、行军礼的权利。在特殊时期，还会被应招复员，复新入伍。但退役之后，出任了其他的国家公职人员的退役军人，将严禁再复员入伍，也禁止在正式场合穿军装，但军衔依然可以保留。
大体上军事系统的框架就这样搭建了起來，同时各种相关制度也基本确定下來，周少桓也立刻着手开始组建国防部下设的其他各部门，其实这些部门几乎都是以前的统战部里就有了，而且这几年以來，各部门的工作也都进行得不错，周少桓也沒有过多的进行调整，基本都留任了。
但也有新増加的职位，就是二名副大臣和国防战略部部长，不也其中有一名副大臣是由统战部部长出任，因此周少桓只需要提名两位官员。因为现在帝国是军事是海陆并重，因此周少桓也认为，自己对海军的事务不熟，副大臣应该來自于海军系统，于是提名现在海军部的成钢出任，而国防战略部部长，周少桓提名由四川军区的司令官李牟出任。
对周少桓提名的这两个人选，商毅并沒有异议，也认为非常合适，因此也立刻下令，招成钢、李牟到南京來上任，而李牟留下的四川军区的司令官一职，由副司令尤洪亮接任。
国防部的人员的人员确定下來，接下束也开始着手建立统战部。现在统战部最重要的三个职位就是统战部部长、陆军部参谋长、海军部参谋长。
内阁推荐的人员是统战部部长成进、陆军部参谋长李定国、海军部参谋长黄震。
成进和李定国是当初和周少桓并列为国防部大臣的候选人，现在周少桓出任了国防部大臣，那么统战部部长自然是从这两人中间选择，因为成进的资历比李定国高一些，因此得胜的，李定国也只能退而求其次，出任陆军部参谋长，而海军的成钢出任了国防部副大臣之后，海军部参谋长一职也就只能由海军的另一名大将黄镇出任。
商毅对此也沒有异议，全部批准，并立刻下旨，诏各人进京就任。