自鲁王朱以海逃往福建做起了“海上天子”途中时，护军统领赖塔率八旗军五千，蒙八旗兵五千，李成栋部降兵五万，进攻台州后南下进攻温州进入福建。
清军贝勒博洛带余下清军攻入江西，1646年总领大军的郑芝龙只想割据福建，独享一方，理也不理。而明朝老臣黄道周眼见郑氏家族按兵不动，军队诸部怯懦观望，已过花甲之年的黄道周对隆武帝表示：“与其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我为大臣，当先皇帝而行，以为人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。
隆武帝虽为英明之主，却一直为郑氏家族集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗。他们崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实自己的私人力量。
清朝贝勒博洛率军攻福建，黄道周凭一腔热血忠义，自己出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。隆武帝非常感动，流涕送行。由于人、财、物皆在郑芝龙家族掌握之中，隆武帝只能给这位老忠臣一百道空白委任状，没能拔给他一两军饷和一个士兵。
黄道周就是一个书呆子，在家抱抱儿孙、空余时做做学问，为官修修史书还行，领兵打仗就是个笑话，接下去黄道周打了一个烂仗，让人捂着眼看也想不通到底怎么回事，就像是小儿过家家，黄道周组织“扁担军”迎战清军，这支拼凑起来的军队，全无作战经验。这是认真的吗？还别说，就是这样的军队，福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。
随即黄道周救国心切，他出闽入赣，进至江西广信，上万人的军队，说是军队不如说是一帮叫花子拥入江西，随后发现周围全是清军，这支拼凑之师就这样被包围了，忧急之间，身在清军占领县城的婺源的明朝县令，是黄道周学生，他给老师发来“密信”，表示说可以充当内应，要老师一定率军前来攻取婺源。其实，这个人已经为清廷卖命。黄道周不知是计，贸然发三路兵前往。结果，半路皆被预先设伏的清军各个击破。一战全部覆没，黄道周被擒，押入婺源县城大牢看管。
很无语啊，整个过程就是去送人头的，当然了为了突出黄道周的“英勇大义”视死如归，把这次抗清失败归为郑芝龙不合作，说是郑氏家族在朝中散播闲话，说黄道周交通外臣，欲谋不轨。 先不去说隆武朝堂上这些是是非非，黄道周领兵打仗了这件事才是关键。
六月，清军兵分两路由仙霞关、分水关进逼福建，镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，清兵陷仙霞岭， 福建唐王朱聿键被迫出逃汀州，随后，就是死。清军早有行文，凡是捉拿到皇室朱姓一律处死。
九月十九日，清征南大将军多罗贝勒博洛统兵占福州，不久，清兵乃疾取兴化、泉州、漳州诸郡县。同月，博洛遣泉州绅士郭必昌持书往安平招抚郑芝龙，许以闽粤总督，郑芝龙知其为权益之计及调虎离山之计，然其坐以待毙，不如保存实力，后被执往北京，其子郑成功劝止郑芝龙未果，遂至孔庙哭庙、焚儒服，对自己的父亲说：“若父亲一去不回，孩儿将来自当为父报仇。”后率部出海。说道这里，其实郑芝龙也是被逼无奈了，不得不降了，力量对比太悬殊，降了还能许个闽粤总督，如果清廷反悔，郑成功就是自己的砝码，也给郑家留下一脉，所以才有郑成功哭太庙这一出，果然，郑芝龙被执往北京后，清廷反悔了。所以才有郑成功义无反顾地抗清到底。
朱聿键被清军杀害之后，一些不愿意投降清廷的文武官员改奉鲁监国朱以海为正统，这使得他的地位发生了很大变化。
在原本的历史中，张名振祭出了“隆中对”，什么是 “隆中对”？学三国啊，先三分天下 ，利用“监国”名义和声望，招揽人才，逐步增强政治、经济和军事实力，同时妥善处理好同海外邦国的关系，争取朝鲜和日本出兵相助，在西南桂王称帝上，不再采取针锋相对的方针，让桂王政权尽量拖住清军。如此一来，就能形成三分天下（清廷、桂王和鲁王）之势，待江南空虚之时，用精兵袭取南京，则明朝复兴有望。
看看，全是小说上写的那样，可是朱以海还当真了，拍手称道此“隆中对”妙极。
可是黎城的加入，已把原本的历史走向改变了，先说张名振，此时的张名振只是担任舟山地方海巡暑的负责人，官品为从五品级别。
九月，正当郑芝龙降清，被执往北京后，据守金、厦一带的永胜伯郑彩将朱以海迎入福建，郑彩决定奉朱以海为主，朱以海的实力迅猛增长，大多数福建官民都以鲁王为中兴大明的旗帜，再者，满洲军主力已由博洛带回北京，福建清军兵力一下空虚。
1647年正月，朱以海在长垣誓师，在誓师会上，他向各路大军表明了“王业不偏安”的决心。朝政军队初步整顿就绪后，朱以海即着手收复失地，短短半年内，福建多个府县相继收复。七月，朱以海亲征，他广发檄文，号召各地绅民起事，共创大业。“解放区”不断扩大，建宁府以及建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地均被收复。同年十月，福宁州也被明军攻克，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。
原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化，接受朱以海重任，在兴化城内号召起义，兴化总兵张应元被打得措手不及，带着残兵败卒乘夜逃跑。
往往在形势一片大好之时，内讧又开始了，郑彩想架空朱以海，进而取得实际大权。无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用？”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。
郑彩为什么要这样做，那是有原因的，前面说道形势一片大好，在这时大学士熊汝霖开始发号施令起来了，按着朝廷的架子行事了，美其名为，朝廷自有法度，凡事全部要经过朝廷同意，也就是说要先报给我等，有我们这些文官在朝堂议事即可，文贵武贱，日久渐渐生出许多龌鹾，可是郑彩就是一海盗，上了岸还是海盗，跟海盗讲法度，不就是对牛弹琴吗？结果可想而知，最后钱肃乐也有这毛病，不吐血才怪。
其间郑彩还跟郑成功双方火并，显然朱以海是待不住了， 赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。 由于郑成功与朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，以张肯堂为大学士，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾，决定回舟山。
在杭州的王德发得到消息后，既然朱以海去了监国称号回来，那就住在舟山吧，起码不用担惊受怕，目前蒋季就在宁波北仑港组建水师，在舟山驻有海军，就密令蒋季，把朱以海看管起来，这种人最会作幺蛾子，挡不住别有用心之人怂恿，再来一个拥立，又是一地鸡毛。
果然，张煌言听说朱以海回归舟山，就劝说王德发“拥立”，这一次王德发真的冒火了，被气的冷笑连连，王德发没少给张煌言讲过“拥立”之事，从朱由崧、朱聿键、朱聿鐭、朱由榔、难道接下去是朱以海吗？明朝已亡，为什么要去“拥立”？难道建立自己想要的政权不好吗？
王德发说道：“玄着啊，想听听我们对你的评价吗？这几年从朱由崧起，最杰出的政治家有两位，一位是堵胤锡，另一位是你。堵胤锡在永历朝廷中一直遭到何腾蛟、瞿式耜等人的排挤，无法展布他的雄才大略，终于赍志以殁；而你偏处浙江、福建海隅，得不到实力派郑成功的支持，也跟黎城理念不一，空怀报国之志。历史上常说“何代无才”，治世不能“借才于异代”，就南明而言又何尝不是如此。在史书上，人们习惯于把史可法、何腾蛟、瞿式耜列为南明最堪称赞的政治家，其实，他们不过是二、三流的人物，就政治眼光和魄力而言根本不能同堵胤锡、还有玄着相提并论，这就是当前对你的评价。”
最后王德发说了句重话：如果谁想害死他，就去“拥立”他吧。
张煌言听后脸色煞白，踉跄地出门，不日返归宁波鄞县老家而去。