寇谦之在整顿道教之前，北方道教的状况已经详细分析过了。那么同一时期南方的道教是什么情况呢？大哥别说二哥，应该说比北方更复杂。
首先，佛道之争越来越激烈，道教在发展上面临的压力越来越大。
全国佛教发展已成燎原之势，别处不说，就说陆修静的大本营庐山吧，他自己就只占了一小块地盘，周围有归宗、秀峰、万松、西贤、海回五大佛教丛林，三百多处庙宇，近万和尚。每当站在高处手搭凉棚欣赏庐山风景时，绿树掩映下无数光头时隐时现，在斑驳的阳光下熠熠生辉，是不是顿时就感觉自己的道友好少啊，压力好大啊，心好塞啊，唉怎么和尚们就不累呢，这念经的声音就没停过。
事实上，并不是只有庐山是这样的，全国各地哪都差不多如此，杜牧那首古诗估计人人都会背，南朝四百八十寺，可见佛教是如何的兴盛。等等，整个南朝才不到五百座寺庙，貌似不是很多啊？当年老师怎么讲的记不太清了，那时对历史理解也不深，但这里说的只是在南京周围的寺庙个数，实际上经过考证，杜牧那是在搞促销给打了个七折，当时至少有七百多座，试想佛教在整个南方是何等规模。
如果只是和尚多点还不是让人太担忧的话，真正让陆修静心焦的是，士族、读书人研究佛学的人越来越多了，这就动摇了道教的根本和未来了。其中的原因，除了有佛教迅速发展的因素以外，道教自身也出了大问题，这才是事关道教生死攸关的隐患。
早期的道教经书来源，主要的是一些道门高人的创作，多数是以神授方式出现，在数量就比不过佛教，人家有后援啊，直接从印度运几车来，找几个翻译，一部部佛经就流传出来了，那才是真的量大管饱。随着三洞经书的大量出现，虽然在数量上有了一定的改善，但随之而来的是大量抄改佛经、伪造道经的现象流行，造成了道经市场的真假难辨，是非混乱，就连一本经书的页码顺序都是乱的，怎么一个乱字了得！
问题还远不止这些，就算你好不容易找到了一本真经，但却发现好深奥，看不懂啊！关键是那些作家们为了显示自己的水平层次如何高，或者显示经书的地位，往往是故意这么做的，能多深奥就写多深奥，就是不会好好说话。
面对这样一个混乱的道教出版市场，就算是原来还喜欢研究道门经书的人，也会摇摇头，表示惋惜，或鼻孔喷出一股白气了，唉，还临佛经贴心。
面对这种现状，作为南方道教的领军人物，陆修静那叫一个痛心疾首、食不知味、夜不能寐啊，于是自觉地承担起改变这种混乱的出版现状的责任，否则，不用佛教再有什么动作了，人家就搬个马扎坐在那，边嗑瓜子边看着你们道教自己把自己作死了。
师出有名是我国的传统美德，这方面陆修静自然不会犯低级错误，在整理经书的过程中，陆修静一早就提出我是一名光荣的、有责任心的三洞弟子，为了“祖述三张，弘衍二葛”的大义。显然是先把自己放在一个名正言顺的位置，整理工作也就理所应当了。当然，潜在的意思也是在说我精通各门各派，有资格也有能力完成这项艰巨而光荣的工作，他的底气除了来自自己的真才实学、声望地位以外，还包括皇室的支持。
在自己的度假山庄里，陆修静先把自己多年以来搜集到的道教经籍集中存放到崇虚馆，这时候如果再临时去收集肯定是来不及的。陆修静一生都在广集道书，早在他离家出走时，就已经开始注意收集了，先后从句容茅山殳季真（殳音叔）那里得到了杨羲、许谧的上清经法，从句容葛粲那里得到了灵宝和三皇经法，这些原来都收藏在庐山的道藏阁里。如今在首都住着，皇帝、大臣、士族名流们也免不得会贡献出自己的珍藏，最终这些市场上能见得到的经书，基本上都进了崇虚馆。
接下来就是对这汗牛充栋的经书处理了，主要工作有刊正真伪、校对、注释阐释等。假的、伪的全扔了，厨房大师傅最近都不用去买柴了，天天烧这些不要的经书就行了。错的、漏的要改正，补充完整，然后再把真经分门归类，所以怎么对这些经书分类的问题就摆到了面前。
在陆修静之前，葛洪的《抱朴子?内篇?遐览》里就罗列了很多道教典籍的名称和卷数，由于当时还没有形成明显的道派，所以他仅仅是按经、符等进行了简单分类，陆修静没有采用他的方法。
葛巢甫批量生产灵宝经时，曾经提出“三洞”的说法，陆修静感觉用这个三洞的分类方法比较靠谱，加之上清、灵宝和三皇这三派的经书量大管饱，嗯，数量、质量都不错，于是就完善了三洞结构，边整理，边分类，最终完成鉴定经诫、方药、符箓等各类经书，并于471年撰写了《三洞经书目录》。这部目录里面共包括经书1228卷，实际是1090卷，后呈献给宋明帝阅览，可惜的是没流传下来，早已亡佚。
一直在说三洞，这里简单解释几句。三是源自道教的一炁化三清的思想，这个三在道教中很特殊，有三生万物的含义，洞则有通达的意思，三洞即通达神仙境界的三条道路。
关于一炁化三清，现代大家都说一气化三清，这里的气和炁本质上是不同的，作为看过我的书的道友，以后还是用这个正确的炁吧，区别嘛，有机会再详细聊。
接着说三洞，三洞分别是以上清经系为中心的洞真部、以灵宝经系为中心的洞玄部和以三皇经系为中心的洞神部，对这三洞经书进行编目整理，就是陆修静的巨大贡献，所谓的“总括三洞”。
确定了三洞的结构以后，陆修静就把上清、灵宝和三皇三派经书综合在一起，再参考佛教的三藏、三乘等思想，系统地用到三洞的分类中，并按大、中、小乘的概念区分出等级，同时还把这种等级延伸到道士的品级和位业分级上面。
确定了品级和位级，道士们的修炼也就更加规范，如修太清经法的道士可成仙，修灵宝经的法可以成真，修上清经法可成圣等。
还有更深层次的划分，比如不同级别的道士修炼的功法是不同的，不能随便想修什么就修什么，必须逐级修炼，低级的道士不能上来就修最高级的上清经法等等，这些就不再详述了。
当然了，能通达神仙境界的经法绝对不限于上清、灵宝和三皇这三大经系，否则就犯了众怒了，而且这里的三，本来就是能生万物的，自然就不限于三个门派了，要不其他道派的经书就不能加入进来了。所以，稍晚于陆修静的南齐道士孟智周，就在三洞的基础上，增加太玄、太平、太清和正一这四部，称为四辅，三洞和四辅合称为七部。
陆修静在编撰《灵宝经目》的时候，把灵宝经分成了十二个品类，如本文、神符、玉诀、戒律、威仪、表奏等。唐代道士孟安排在《道教义枢》中，根据陆修静这个分类，进一步把灵宝经的这十二类的分类方法，应用到整个三洞分类中，这样，三洞经书的每一洞又进一步分成十二部，共计三十六部，称为三十六部尊经。
至此，由陆修静正式确立三洞经书的分类体系，经孟知周和孟安排共同努力，最终完成的道教经书的完善的分类结构，三洞四辅十二部正式定型，成为道教经典的分类系统。
三洞结构影响深远，隋唐以后编修的道经，明代的《正统道藏》以及近年的《中华道藏》，都沿用了这样的分类法。道藏内容后面再详说。