除了诗歌以外，吴筠的着述传世的也不少，其中最重要的应该就算是《玄纲论》了。
在《进玄纲论表》中说了说他的写作目的，大概是对当时的重玄思想以及流行的三洞经书这些道书的深奥难懂表示很不感冒，“难皟其奥，罕窥其门”，这不是自己束缚自己的发展吗，这些前辈们就没有想着道教的整体发展，非要让后辈们感觉是在看天书才能显得你们学究天人，水平很高吗？你们要是写得浅显易懂，让后辈们都能修成无上仙法，这是多大的贡献啊，所以他就想通过自己的努力，对道教的理论总括纲要，让后来人能少走点弯路，所以就写了这篇《玄纲论》。
《玄纲论》共三十三章，分上中下三篇，是吴筠最重要的思想着作之一。上篇主要是明德，涉及宇宙生成、养生、政治等多方面内容，多继承自老庄的思想，基本上是从宏观角度讲了道。中篇辩法教，主要从细微之处阐述一些炼养内容，涉及了道的次序，修道的关键和虚静无为的一些方法，算是从微观上讲道。下篇析凝滞，是以问答的形式进行答疑解惑，主要内容是神仙信仰等方面，比如怎么把有形的身体与无象的道相契合，怎么守静去躁，怎么息欲凝虑等。
《玄纲论》总体是围绕什么是道来论述，开篇就解释了什么是道，“……虚无之系，造化之根，神明之本，天地之源……”，简单提炼一下吴筠的观点，首先，道是宇宙的根本，虚为的依托，造化的根本，神明的本体，天地的本源，所以道才至大至无，无形无声不可知，但又是绝对存在的；其次，道是至幽至静，万物由道而生，所以道是掌控万物死生的。不难看出，吴筠试图从本体论的层次来解释道的概念。
吴筠认为道的“有”和“无”两种状态是可以相互转化的，怎么做到这种转化，“有无相同，以有契无，与道同一”，这又是修炼的关键，可以说是追求天道的总纲，相应的，一本武功秘籍自然也有修炼的总纲，吴筠总结为八个字，“以阳炼阴，守静去欲”，是不是有点熟悉？
吴筠的修炼方法实际上恰好契合了内丹理论的思想，尤其需要说明的是，吴筠的思路为内丹理论的逆修提供了理论上的支持。前面讲过道家的修炼是一种顺为人逆为仙的基本理论，当然传到现在一样也是这么认为的，道友们应该都熟悉的。现在，广泛出现在修真小说里面的“炼精化气，炼气化神，炼神化虚，化虚合道”就是一个典型的逆修的过程，这也是内丹学的回归之道，逆反成仙之道。再比如道家着名的导引术“八段锦”，如果简单做八个动作的话效果实在一般，效果比广播操强不了什么，但配合呼吸、意念，把动作和气脉配合起来那就不一般了。那位道友也许问，你这说的和“逆为仙”有什么关系？这里不讲高深的，只说说简单的呼吸方法，比如第一段的双手托天，有兴趣的话您可以试一下，双手十指交叉手心向上，从腹部向上，到胸部时外翻再向上到头顶时手心依然向上，做这个动作时一般人的习惯都是吸气，不是一般人的请忽略。接着手指分开，手从两侧向下，再回到腹部前交叉，此时一般人习惯应该是呼气，同样非一般人忽略。如果您是这样做下来，效果当然也有，而且也不错，这是调理三焦经的，也是为后续七段做的准备工作，相当于跑步、游泳这些相对剧烈些的运动前的放松、准备活动，但效果也仅止于此，这只是“人”的层次，就是“顺为人”，要想达到道家的养生、延年甚至更高的追求，那就要变一下，也很简单，就是习惯吸气的时候呼气，习惯呼气的时候吸气，这就是“逆为仙”的最简单的做法。不再多讲了，有兴趣研究八段锦的道友下面再交流，这里不多说了。
在这个顺逆转变过程中，吴筠说还要注意摒弃情欲，这同样是“逆”，人哪里没有情欲，这也是人后天成长中逐渐增强的，但要想修道，同样要逆过来，回归本真是关键，也就是说情欲和道是对立的，有我无他的关系，他的这个思想不仅被内丹学说所重点吸收并发扬，熟悉宋代理学的道友们可以想一想，他们提出的“存天理，灭人欲”，本质上是不是一致？另外佛教的六大皆空啊，各种持戒等等，仔细想想是不是同样是在克制人的自然的行为和意志？只不过宗教也好，理学也好，把这些东西提炼、升华了，成为了一种哲学层次的理论了。
所以，吴筠从哲学层次上解释了道以后，接着他进一步用元气来解释万物生成，这个问题前面也讲过，宗教、哲学解决了“我是谁”的问题以后，就得解决“我从哪里来”的问题了。万物是具体存在的，所以就得从唯物主义上操作了，吴筠把万事万物的生、灭统统安排给了“司玄化，御万灵”的“虚皇”身上。这位虚皇实际上就是道的化身，他就是道，当然了，道教是一个多神的宗教，吴筠再弄出一个虚皇出来也没什么大不了的，以前有太上老君，有元始天尊了，再多一两个至高神也没什么大不了，不过虚皇必须和太上老君他们一样，不能随便就露面，天天搞演讲拉选票什么的肯定是不可以的，这就是宗教的本质，你一个至高神，不能太直白、太真实、太具体的，必须保持足够高的神秘性才可以。
虚皇是如何造化万物的呢，想当年女娲是抟土造人的，虽然后来偷懒了拿个树枝随便甩来甩去的，甩出点泥点造人吧，这也是有个具体的过程了，虚皇的手段则主要是通过“元气”来实现的。《玄纲论?元气章》讲宇宙初始状态是“真一”的空虚，个人感觉相当于盘古开天辟地前的阶段或更早点的阶段，接着由于“至精感激”使这个“真一”动了起来，静止状态当然不能创造万物了，所以这个动是很关键的，这就是造化之功，这就是吴筠的宇宙观。
道家的理论有时候不太好理解，“真一”是一种空虚，那空虚是怎么运动的，什么东西在运动？“真一运神而元气自化”，也就是说元气是关键，是运动起来的媒介和具现的途径，元气是“无中之有，有中之无”，就是有了它才生成了天地人万物。不过元气必须要动起来，否则万物只具其形，没有灵魂了，元气动则天地人才产生了灵性，而只有神才能操控元气，让万物运动起来、变化起来。
元气不动时就是太极，自化则化生万物，后面还会讲到陈抟的太极图，周敦颐还创作了《太极图说》，第一句就是“无极而太极”，当然那些修真小说里常用这句话。从无极到太极，从太极再动而生阳也好，生两仪也好吧，总之就从虚无、静止动了起来，这就是吴筠的宇宙观，也是他的道。
道是宇宙中最高、最根本的存在，是超越时空的绝对存在，是虚极幽深的存在，是天地万物的生成者，而道的最高境界是：超越动静。宋代理学说无极生太极，太极动了生阳，动到极致以后就是静，如果有道友感觉这个理论不好理解，您可以观察一下高速转动的车轮，静是生阴的，同样静到极致了又动了，所以宋儒们认为动静是互为根本的，这其实就是从道家而来的。
吴筠认为“静”是万物的最终归宿，复归于静是宇宙的普遍规律，道理也很简单，尘归尘，土归土嘛，本来就是虚无的，本来就是静的，怎么变化怎么动，最终还是要回到原点的。但是“道”不是静的，道是无动无静的，是超越了动、静的存在，要不怎么能体现出道的高大形象呢。
道家的终极追求是什么，是能长生，说与天地同寿那是不行的，因为天地那也是道创造出来的，最终也是会由动归静的，也就是说天地也是有寿命的，但是道是超越了动静的，或者说得道了，就可以超越了生死的，道士们要做的就是“守静去欲”，最终要达到形神合一，这就是仙道。
吴筠专门写了《玄元论》，里面综合了老庄思想和元气论，完善了自己的本源论，但是最终还是受到了时代、科技等方方面面的限制，解释不了运动的本源问题，这方面还是可以理解的，宇宙观那是近代才逐步完善，当然了，过几百年以后再看，现在的认识也许同样只是个皮毛，甚至有很多是错的。和近现代的一些科学家相似，既然用现在的科学解释不了，那么很简单，那就是神才能解决的了，感觉这才是宗教、神产生本质原因嘛。
当然了，吴筠少不了给出一些修炼方法和理论，他是从道家的元气生成论的角度讲了心性修养与炼形的关系，主张“神仙可学”和“形神双修”，这自然是内丹方面的发展了，在一定程度上也改变了重玄的风气。
吴筠在重视内丹修炼的同时，对前辈们的外丹理论很不感冒，并且说外丹是舍本逐末，这种否定就有点绝对了。前面讲孙思邈时提到过唐代外丹术还是非常有市场的，可以说相当流行，要不然唐、宋、明一直有那么多皇帝、名人死于丹药，但是由于这是一个极为烧钱的行业，所以基本上只限于在上流社会流行，于是穷人们只好另辟蹊径，想着走一条经济实惠的路出来，毕竟穷人也得追求仙道嘛，于是存神、服气等等就得到了深入研究和发展。穷道士们天天存思打坐、呼吸吐纳，心里窃喜，这种修炼简直是不要太省钱嘛。
穷人还是多数的，所以各种理论发展、规模化以后，理论研究自然就会深入，于是就有了吴筠、潘师正、司马承祯、李含光等等高道的加入，加以升化、提炼，并用他们的传承和博学，形成一部部道家典籍。可以说这些人理论知识丰富，学识渊博，很受达官显贵的欢迎，他们虽然没有形成完善的内丹理论，但实际上都是在推动着内丹学术的发展，为晚唐、五代及以后的内丹学发展打下了很不错的基础。