下面简单聊一聊全真教的教义、功法等方面的内容。
王重阳给全真教的定位非常明确，“忠君”加“修炼心性”，在这一基础上改造传统道教而来的全真教，“内修真功，外修真行”。首先得适应这个乱世，能够存在、生存下去，才谈得上修行，所以全真道士在精神上安抚历尽苦难的百姓，得到统治阶级的扶植，在内修炼真灵，追求仙道。
内修方面，全真教不同于传统道教的修炼，虽然也讲究性命双修，但却反对由外丹入手而肉身成仙的理论，而是对钟吕内丹思想加以继承和发展，并且更加注重追求精神上的超越，更多的是从元神、真灵的修炼上下功夫，说白了就是灵魄成仙，这就是“全真而仙”。
外修方面，受宋代理学思想影响，特别是那个着名的“存天理，灭人欲”理论，全真道士对自己提出了极为严格的要求，苦已利人，不仅出家清修，而且清规戒律之严也创了新高。按照王重阳的观点，舍不得肉身的享受，哪能心无旁骛地修炼元神？另外，利人则涉及了儒家的封建伦理道德思想，道士同样是生活在现实社会中的，这一点是不可能回避的，所以这同样被视为全真而仙的基本条件。
马钰接掌祖庭以后，修道思想是以清净为核心的，清净的境界就是体悟无为、自性的结果，是他认为能够最终成仙证道之路，也是他在哲学范畴所能达到的最高层次。在三教合一方面，马钰赞同和吸收儒家的伦理观，但是否定他们的伦理思想，因为这是对精神修炼的束缚。佛教方面，他主要是吸收和借鉴了禅宗的思想，尤其是认同道、佛的空无本源之说。马钰的内修功法中，有很多与南派惠能的摄心法相同，可惜，一心参悟，澄心荡念，无为大道却未走远，刚逾花甲便驾鹤西归了。
马钰留下了数百首诗词，水平也是极高的，这里引用一篇他羽化前几个月时写的一首词，可以体悟一些这位道门高人的境界。这首词名为《琴操?归山操并序》，至今在马钰老家烟台牟平区范园里仍有这块石碑，字迹宛然。实际上，马钰早就有感于自己即将归去，在与僧、儒老友聚会时，请了一位王道士鼓琴，因琴声清越悠长，如出尘天籁，大家难得沉醉其中，更是吸引来四乡居民。琴声渐消，马钰心有所感，便提笔写下这首词及序：
钰与云水僧竺律师、殿试范寿卿相会于郡城之北三教堂，因焚香宴坐，命郦州道士王大师鼓琴久之，亦一时之胜会。日昊则有乡人云集，由此作琴操，盖钰有归真之意也。丹阳马钰。
能无为兮无不为，能无知兮无不知。
知此道兮谁不为，为此道兮谁复知。
风萧萧兮木叶飞，声嗷嗷兮雁南归。
嗟人世兮日月催，老欲死兮犹贪痴。
伤人世兮魂欲飞，嗟人世兮心欲摧。
难可了兮人间非，指青山兮当早归。
青山夜兮明月飞，青山晓兮明月归。
饥餐霞兮渴饮溪，与世隔兮人不知。
无乎知兮无乎为，此心灭兮那复疑。
天庭忽有双华飞，登三宫兮游紫薇。
道友们有缘烟台一游，可以探访一下这座石碑，不过现在已经用玻璃罩子保护起来，不能触摸当年的历史，只能悟一丝归真之意了。
关于马钰的内修思想，其成就实则并不低，这里就不再多讲了。
丘处机是全真教发展中功绩最为卓越的，在他掌教以后，全真教规模空前扩张，上有皇权支持，下有百姓崇信，宫观、弟子数量迅速膨胀，和龙虎山一南一北分立，这是王重阳一直希望而未能实现的远大目标。
思想上，丘处机继承了王重阳和师兄马钰的核心，同样主张清心寡欲，“一念无生即自由，心头无物即仙佛”，在基本理论方面，真正做到了内修心性和外修功行两手抓。
内修心性简单说就是修身养性，心中杂念不生，谁见了都自然以为这就是一位得道的世外高人的感觉。具体到功法，说实话，全真教可绝对不是武侠小说里那样，有着绝世无双的内功心法，学个皮毛就可以纵横江湖了，恰好相反，比起儒学和佛经来说，全真的心法反而以简单易懂接地气为特色。比如丘处机就是主张通过读书思考、出家修道、云游四方、静坐调息、磨炼意志等途径来修炼心性的。
丘处机同样继承了三教合一的基本思想，结合了儒家的仁义等理论和禅宗的明心见性等理论，当然了，前面也提到过，丘处机是反对禅宗的顿悟说的，认为没有长期吃苦的过程，哪来的修成正果，什么顿悟，那就是想偷懒。
丘处机是真正看到了三教合一背后的政治意义，因此，他在贯彻发展三教合一思想的道路上，更好得把握了与统治阶级、儒、佛和底层百姓的关系，全真教在他带领下发展达到了高峰。
在丘处机看来，儒释道三家在哲学原理方面存在共通之处，比如心性、天命、天道等，历史上三教的确一直在相互吸收，特别是从隋唐以来的共存和取长补短，到北宋时期的兼容并存，是三教高人的共识。比如赞宁和尚说过：“三教是一家之物，万乘是一家之君”，而儒家宋太初则说：“礼之中庸，伯阳之自然，释氏之无为，其归一也”。相比来说，一直处于弱势的道教又有什么理由不为自己的未来和发展着想，赞成三教合一呢，抵触二教，为自己树立强大的对手，那真的是脑子被门夹了。
从阶级性方面来看，三教合一也是历史发展的必然性，特别是金、元入主中原，自然会寻找一种适合自己统治的思想来治理这个汉人为主的社会，迅速、有效地稳定自己的统治，王重阳也好，丘处机也好，他们都看到了这个深层次的问题，才会极力发展和推行三教合一思想。
另外，从民族性来看，这一时期也是中华民族的又一个民族大融合的新时期，外来民族和宗教的涌入，对汉民族的冲击是巨大的。统治阶级不可能只允许汉民族存在，其他民族同样是他们治下的百姓，因此，客观上就要求各民族相互认同、相互接受对方的存在，而三教合一的思想，恰好对于多民族、多文化的现实的一个非常好的思路。
当然了，全真弟子们选择了最适合道教的儒、佛，并没有选择伊斯兰、基督等文化差异较大的宗教进行融合，比起成吉思汗和他的子孙们，眼界还是窄了些，换句俗话，也是屁股决定脑袋，不在其位，不谋其政，没在那个位置，没到那个高度，想的自然就有局限了。
丘处机以三教融合的思想为前提，才是真正得到成吉思汗的认同的前提和关键，才谈得上劝他去暴止杀、济世安民，才能够使全真教得到蒙元的认可并迅速发展壮大起来。他和成吉思汗的论道，也影响着耶律楚材，影响着他后期的改革思路。在窝阔台的支持下，耶律楚材按照汉民族的传统习惯而推行的新税法等，非常有效地缓解了北方尖锐的民族矛盾，迅速恢复了经济生产和社会稳定，对于蒙元加速统一进程的作用不言而喻。
当然了，丘处机虽然主张儒释道三教平等合一，反过来却又支持“老子化胡”的观点，这可以从他在西行途中在阎立本的《太上过关图》中题的一首诗中看出一二：
蜀郡西游日，函关东别时。
群胡皆稽首，大道复开基。
由于全真教得到统治阶级的扶持，后辈们很容易滋生那么一点点小骄傲，除了蒙古人，看其他人的时候鼻孔就稍稍有点朝天了。前面说过，全真教抢了很多因战乱而荒废的佛寺，改改就成了道观了，这还不算，又重新翻出了《老子化胡经》，重新用它来打击佛教，这种旧账重提，拿着剩饭天天来炒，看官们都烦了，更何况是当事人，于是触怒了六根清净的佛门高僧，一场佛道之争又重启了。丘处机也没有想到，1258年，佛教一方以少林寺主持福裕为队长，道教一方则是以全真教掌教张致敬（丘处机的徒孙）为代表举行了一次辩论，结果全真教一败涂地，不但要归还原来抢占来改造的佛寺，还烧了化胡经，最关键的是全真教从此走上了下坡路。关于元朝的佛道之争，后面再详细交待。
总体来说，丘处机的历史功绩是应该得到承认的，当然，他的历史局限性和阶级局限性也是客观存在的，不能过高得希望他能从根本上改变当时的民族压迫和剥削的现状，也不可能改变被蒙元统治者利用，成为统治阶级利用的工具的命运，同样不可能真正为底层的百姓服务。作为后人，我们可以批评他，也可以认可他，不过他对于中国道教发展的贡献、对于民族融合和国家统一的贡献，是不能否定的。