再次大获全胜的佛教并没有满足，而是继续打压道教。举个例子，在元末史学家陶宗仪的《辍耕录》中记载了这样一件事：有一个不知来历的叫杨琏真加的人，南宋灭亡以后他在江南以佛教总管的身份干起了摸金校尉的工作，而且是挖了宋朝的皇陵，把得来的这些钱财用来发展佛教事业去了，据说他这样做的动机就是为了报复北宋的崇道。也许和尚们对他的行为会点赞，不过他的做法完全可以说是对江南甚至整个汉民族的一种挑战，也是蒙元统治阶级政治上的一次极大的败笔，后世学者分析，这就是外族对汉文化历史缺乏了解的表现。
再看几个简单的数字。据胡其德先生的研究统计，1244年到1304年的六十年间，蒙元政府共举行了48次国家的法事，其中仅有十三次是由全真道士主持的。而在这十三次法事中，有五次是在开平城辩论，就是第二次辩论之前由李志常主持的，有七次是在第三次辩论之前举行的。第三次辩论以后，全真教地位下降，仅有一次是由全真道士主持的法事，而且还是在1291年忽必烈颁布了解禁全真教的诏令以后的事情了。
蒙元时期的三次完败，被和尚们反复摩擦，全真教的地位逐渐排到了藏传佛教和正一教的后面。不过，元政府虽然不再扶植全真教了，但是并不意味着打算取缔或消灭它，仅仅是压制而已，这一点可以从全真教依然在民间有着强大的势力和影响力上可以看得出来。
下面简单归纳一下蒙元时期佛道之争涉及的政治方面的一些问题。
佛道之争中佛教的获胜，有全真教自身的原因，也有统治者的态度原因，特别是藏传佛教的影响力。
自王重阳开始创教，就一直坚持三教合一，这里面有融合，也有平等的意思。正如王重阳所说的，“三教者如鼎三足，身同归一，无二无三”、“似一要树生三枝”。早期的全真教可谓是人才济济，总体上文化层次还比较高，又不乏政治敏感性及大局观不错的成员，不过从第四代以后，随着综合素质的下降，特别是对于王重阳的三教合一的思想不怎么认真体会、领会、和坚持了，自然就不可能处理好与佛教的关系。
这还不算，更重要的是他们看不到全真教背后的潜在危机，不是潜下心来修心养性、研究理论，更多的是参加社会活动，追求祈福斋醮、安逸享乐、争名逐利……甚至对正一教都视而不见。人家可是一个实力丝毫不弱于你的、屹立不倒的、传承千年的老牌门派了，还以为自己的江湖地位稳固得不可取代，只能说后来的全真教从掌教到小道士们都有点膨胀了，也太天真了。
前面刚讲到过，想当年丘处机西行的时候，曾经在阎立本的《太上过关图》上提了首诗。关于这首诗，被历来的聪明人玄化了，声称丘处机借诗预言了以后会有明朝灭元，甚至还预言了满清的灭亡。自丘处机掌管天下道教事务以后，全真教有了爆发式的增长，势力扩张很快，于是就和势均力敌的禅宗成了对头。随着蒙古的势力南下，金国只好南迁，便留下的大量的战后资源成了无主之物，于是全真教开始大量侵占废弃的佛寺，反正我强一分，你就弱一分，多好的机会啊。
《至元辩伪录》《佛祖历代通鉴》说，当时丘处机和李志常带头大肆抢占寺院和田产。寺院抢过来后就改成道观，佛像是泥的、石头的就砸碎了，是铜的就化了铸道教的神像、法器。有时候抢兴奋了，连儒家也抢，比如西京（大同）天成夫子庙也被改成了文城观。就这样，抢占了梵刹四百八十二所，佛祖像、白玉观音像、舍利塔等等全都毁了，并且四处宣扬道教优于佛教的舆论，不但得触动了佛教的利益，连儒教也得罪了，从而为佛儒联手打压全真教埋下了隐患。
等到忽必烈改元，全国统一以后，佛教一方随着势力的增大以及皇帝的支持，逐渐有了和全真教抗衡的能力，于是，那些被全真教占去的房产、地盘自然就想要回来。如果仅是要回来，双方就一笑泯恩仇了，事情自然没这么简单，等到皇帝都皈依我佛以后，对全真教的打压更有力了。
统治者的宗教政策的变化，同样起到了引导佛道之争和导致道教完败的重要因素。蒙元从最初的相对平等的宗教态度，到忽必烈时期的偏袒佛教，谁和皇帝走的近就偏袒谁，放到现在也一样，所以忽必烈受了八思巴灌顶以后，蒙古贵族中皈依佛教的那就更多了，偏袒佛教就是理所应当的了。
所以，这场历经了近三十年的宗教之争，最终以蒙元政府的一边倒的态度划上了句号。
那么蒙元政府到底是出于什么目的引导了这次宗教之争？
中外学者对蒙元时期的历史还是非常感兴趣的，至少在现在看来，那个时期的历史算是跨洲的国际性的。在蒙哥时期，还在坚持执行成吉思汗的宗教平等政策，政府对于宗教还没有出现明显的偏向性。之所以会有宗教之争，原因是蒙古人试图通过这种辩论的形式，看一看究竟哪种宗教更适合于统一帝国各疆域、各民族和各种族的意识形态，更利于把这片广袤的领土早日稳固下来。这一点，也可以从当时首都和林中有十几座不同的宗教寺庙、教堂得到印证。
不过宗教政策的实施，肯定是要随着疆域内的民族成份和领土的变化而改变的。熟悉历史的朋友应该清楚，元以前的蒙古帝国实质上并不是一个真正统一的国家，而是一个联盟，这也是它允许多种宗教并存，而且至少表面上是平等共存的一个重要因素，不过要想找到一个适应当时情况的，放之四海而皆准的宗教又谈何容易。所以，蒙元初期，蒙古人的基本宗教政策的基本原则是，任何一种宗教必须是有助于我的统治而不能威胁到我的统治的才是好宗教，好宗教才允许存在才会得到扶植和发展，就连本族的萨满教也不例外。
虽然还没有证实在1255年前后究竟发生了多少次宗教辩论，不过至少可以推测出，在蒙哥时期，就是第一次佛道之争的前后，1254年至少发生过基督教、伊斯兰教和道教之间的辩论，和佛道辩论一样，它们之间的辩论也是一对一的形式。1256年，又发生过噶玛派老大噶玛拔希和基督教之间的辩论。顺便说一下，当时的蒙古人称基督徒为“也里可温”，道友们看到相关文献时明白就好。
到了忽必烈时代，西北诸王的伊斯兰地区的分裂后，伊斯兰教徒人数锐减，再想得到和其他宗教平等的待遇显然不可能了。为了避免西藏也脱离出去，元政府更加重视和佛教、藏传佛教的优渥就好理解了。对于蒙古人来说，汉地的佛教和藏地的佛教本来就是一样的，哪有心情去区分它们。
当然了，以前成吉思汗对全真教的优渥，那是因为当时它并不强大，而且还对蒙元的统一事业有帮助。如今统一了，全真教的迅速扩张，还占有本土优势，怎么可能不遭人顾忌？好在蒙古人也不好意思派几个万人队，把道士们抓起来全都埋了，而是采用了这种非常温柔的辩论方式来打压道教。
既然你败了，那么对不起，以后得再退让些，所以，从李志常以后，掌教开始由政府任命了。这说明什么，全真教的老大已经和普通官员一样不能你们自己说了算了，你们的老板都得由我任命，如果不听话可以随时换一个。
至于什么化胡经之类的，那都不重要，这也可以从全真教归还庙产勉强说还算顺利，但是废弃烧毁伪经却迟迟没有推进这一事实上看得出一二来。到1281年第三次辩论以后，在佛教的强烈要求下，全真教才把化胡经之类的伪经烧了。佛教和道教的针锋相对，如果背后没有统治者的推手谁相信？
此外，早在窝阔台、贵由时期就已经在为佛教撑腰了，开始是禅宗，以后是藏传佛教。当然这也是出于政治目的，为了统治西藏，所以当时拉拢了萨迦派。到忽必烈时期，上至皇帝，下至大小贵族，皈依佛教的大有人在，道教自然就落到了下风。
实际上，佛教内部也并非一团和气，同样存在争斗的。
蒙元最初是尊奉汉地佛教的，随着对西藏的谋求，藏传佛教的地位越来越高，到了元朝，进一步把藏传佛教确定为国教而推行，这说明蒙古人并不希望汉地宗教成为国教，如果说蒙古人没有民族歧视和压迫，打死你我也不信，所以，就有了佛教的内斗。
初期的佛教的斗争，主要是汉地的禅、教各宗之争，1288年，江南禅、教的大人物们齐聚大都，来了一场震动江湖的公开辩论大会，主要就是想聊聊教、禅的优劣，史称教禅廷辩。
佛教的禅、教之分源于唐代了，元代又可以分为禅、教、律三派，汉传佛教中禅宗为主，比如北方的曹洞宗、临济宗、海云宗和万松宗等，教则是指除了禅宗以外的其他宗派，比如天台、华严、慈恩、律、密等。
在佛道之争中，忽必烈肯定是偏袒佛教的，佛教各宗之间的争斗，他又偏袒教而抑制禅宗。于是，在官方的政策倾斜下，禅宗地位越来越低，这同样是忽必烈的民族等级制度在佛教中的一种反映，你再会说，理论再充分重要吗？
前面讲到过，门岿先生说：“成吉思汗时代是无意识地放任宗教信仰发展，忽必烈时代则是有意识地把宗教信仰自由作为国策施行。”现在回过头来看蒙元时代的佛道之争，是不是体会更深一些了。
经过前期的辩论，蒙元政府完成了对宗教的甄选和意识形态的确立，第三次辩论以后，则确立了蒙、藏两族的同盟关系，开始巩固意识形态并强行推广。
正如蒙古人所说，汉人当然会支持汉人的宗教，蒙古人也必须支持蒙古人的宗教，怎么可能会支持汉人的宗教，就算你们文化底蕴深又怎么滴，给你烧了就行了，“凡有一字一书，见疾烧毁，勿留人间”。
辩论失败后，全真教失去的不仅是声望和那点地产以及烧掉一些道经那么简单，实质上这是一个转折点，全真教开始衰落下来，而藏传佛教则乘机开始向汉地传播。上面提到的杨琏真加，不但挖人家的祖坟，而且还对江南的宫观大肆破坏，对道士们大加迫害，据说超过千数的道观毁在了他的手里，这无疑也代表着元政府对道教的打压和对藏传佛教的扶植的态度。
在北方的全真、大道和太一影响力下降的时候，南方的张宗演天师却抓住了机遇，迅速取得了忽必烈的尊重，代替了全真教成为了道教的老大。当然，有人分析，天师这个词和蒙语“蒂卜腾格里”意思基本一致，再加上正一教不重修持，重符箓，敬神仙，所以正一教才会受宠。
忽必烈很聪明，正一教的兴起和藏传佛教成为国教的原因有相似之处。1239年时，南宋理宗就封张大可为“妙观先生”，命令他提举三山符箓，虽然当时的南宋已经风雨飘摇的，皇帝自己都坐不稳当，封的这个提举三山也就只是虚名罢了，但这还不是为了国家稳定？所以，南宋灭亡后，为了稳定江南，加上张可大当年的帮助，1276年，元世祖忽必烈诏令张宗演主领江南道教，“嗣汉天师”，赐二品银印，还在首都修了一座崇真万寿宫，安排张宗演的弟子张留孙入住主持。从此，张宗演每次进京都会带上最优秀的弟子，为的就是在皇帝面前露个脸，多少都有点好处，好处大的比如张留孙、吴全节、夏文咏等，都被封为了玄教大宗师，差一点的，有的安排在道教当个京官道职，也有的派到江南各地去主管教务，这么好的机会，张宗演是能把握住的。
张宗演以后，每代天师都掌管江南道教，传至三十八代天师张与材时，又被授“正一教主，主领三山符箓”，后来更是被授紫光禄大夫，封留国公，赐了金印。至此，张家世代头顶正一教主的头衔统领三山，三山也合并到了正一教，天师教也就从那时改成了正一道，与江北全真教分列南北了。