三一教中有一个弟子叫杨质斋，嘉靖四十三年的时候他没事在福州城里溜达，偶遇了一位仙风道骨的道人。道人得知他的身份以后，便给了他一本秘籍，说是你们教主修炼遇到了瓶颈，这本书可以助他功力更进一步，让他务必亲手交给林兆恩。杨质斋请问道人法号，道人只是摇头，转眼消失了。事后林兆恩收到这本秘籍，闭关修炼一番后修成了紫金大丹，当弟子们一起摆酒庆祝时，有人问那位道人是谁，这么高的本领，林兆恩离席站在厅中，面向北方遥遥一揖，然后正色对众人说：“开始为师也不知道是哪位真人助我破关，待金丹大成时才明白，我修的是吕祖的仙法，吕祖于我可谓半师啊。”
无论这件事是真是假，并不妨碍从此三一教和吕洞宾拉上关系了。不久，又有一位邋遢道人来访，二人相谈玄秘，使林兆恩的内丹功法最终大成。临别前，林兆恩知道了这位邋遢道人正好是自己一直仰慕的张三丰。
关于林兆恩和吕洞宾、张三丰搭上线的说法，其实更多的应该是教内的广告策划行为，无非就是提升林兆恩和他的教团地位，更多地吸收门人加入，增加在民间的人气罢了。
从林兆恩开始开馆授徒一直到嘉靖四十五年（1566年）或隆庆元年（1567年）以前是三一教的创业期，林兆恩的活动范围相对来说比较有限，主要是在莆田和仙游两个县里面。以后，林兆恩的眼界变宽了，不再局限在家乡这一亩三分地了，彻底放弃了儒士的身份，走出了家门，足迹遍及了江西、江苏、广东、浙江。此时，他自己也认可了教主的身份，一路走一路传教收徒，传播教义，希望让更多的人接受他的思想。对于门人，他没有什么要求，只要是诚心入教，无论你是达官贵人还是贩夫走卒，大门都对你敞开，颇有封神中截教的有教无类的真髓。从此，三一教进入了高速发展期，影响范围不断扩大，信徒规模很快就达到了千万计，随之而来的是三一教的性质有了变化，越来越像宗教了。从林兆恩处传教到他去世这段时期，学术界称为三一教的第一次嬗变期。有第一次自然就应该有第二次，道友们往下看。
说林兆恩或者三一教的性质发生了变化，有一个细节可以需要说一说。从嘉靖四十四年开始，三一教开始改称“夏教”了，因为林兆恩有一个号叫做龙江，所以又叫“龙江夏教”。
为什么非要带这个夏字呢，前面解释过，夏字在三一教中是有着至高含义的，三一教宣称“大道总归一夏，真空遍满三千”。当然了，这里所说的真空并不是说三一教和白莲教有什么牵扯。夏字的来源，据说是“教主着夏语，时方脱稿，尚未标明，静坐恍见签上标夏语二字，遂名之书中，言夏自此始。”后来林兆恩多次对这个夏字的本质和内涵加以分析：“夏者，大也，午者，正也”。寓意非常美好，夏天是一年中至阳的季节，当然也是最热的时候，夏教就如夏天一样，至大至中，所以，这里面充满了教众对三一教坚定的信仰，就如同信仰夏天的太阳一样坚定。
一个夏字被三一教搞出来这么多文章，赋予了玄之又玄的、至高无尚的地位，要说三一教不像宗教团体谁会相信呢。
林兆恩外出这段时间大家再想找到他就很难了，这本是情理之中的事情，那时候又没有电话。可是令人想不到的是，这反而进一步增强了他的神秘感，于是，在一众门人弟子的刻意为之下，林兆恩被无限神化。到隆庆六年，林兆恩便被彻底神化了，“人人肖像以祀”，而且在当地的地位已经不比妈祖差多少了，相应的教团的也得到了空前扩张。
三一教之所以发展得如此迅速，规模如此大，除了有林兆恩个人的人格魅力、弟子们的炒作有关系以外，其实还和当时的社会现状有一定的关系。
社会动荡、百姓生活困苦是宗教传播的最佳时机。晚明的情况道友们都清楚，当时有嘉靖、严嵩在上面胡折腾，地方官更是玩命刮地皮，倭寇还时不时地还会来福建沿海抢掠，百姓生活在什么样的环境下就可想而知了。
与谈倭色变的巡抚阮鹗、总兵刘显形成鲜明的对比，林兆恩在抗倭方面的表现却是相当出色。当时戚继光就是在福建抗倭嘛，林兆恩不但出钱出人大力支援，还多次亲自带领门人弟子们战斗在前线。为了防止疫病流行，林兆恩战后又带领弟子们及时处理死尸，有时候二千多、三千多，更多的时候达五千多，一万一千多具，几十、几百具的时候简直都无法计算。这些伤亡绝大多数还是当地的百姓，那些年倭寇动辄万人规模，甚至敢围着县城打，以戚继光的能力，能把倭寇打败，杀几百人就算是大捷了。当然了，如兴化之战那种一次杀敌五千的大胜仗也有。
可以想象得出来，当时的百姓是生活在什么样的黑暗之中的。林兆恩尽散家财，修桥补路、赈灾治病，给无家可归的穷苦人提供钱、粮，收留孤寡老幼，真的是“舍家纾难”，他的所作所为比地方官强出了八条街，所以他在民间声望越来越高，追随他、信仰他的人怎么可能少？
对了，有着多年抗倭经验的林兆恩还写过一篇《防倭管见》的论文，对于如何抵抗倭寇有相当大的参考价值，可惜当时的混蛋政府怎么可能有人关心这件事。
后来，林兆恩出资修了一座戚继光祠，同时作了一篇《南塘戚公画像文》，以表达自己对这位抗倭英雄的敬意。嘉靖四十三年（1564年），戚继光专程到福州拜访林兆恩，二人相谈甚欢。林兆恩给戚继光讲了一番他的教义，他的理想的社会，以及他正在做的事情之后，令心情郁结的戚继光心情开朗，临行前说：“我受先生之教，不觉病之去体。”
所以说，林兆恩是数十年如一日的战斗在抗倭一线，致力于造福当地人民，他的言行就是他的三教合一理论的坚实地基础，也是三一教吸引众人加入的核心动力。
万历十三年（1585年），在外游历的林兆恩终于回到了莆田，此时他的地位已经被烘托得神明无异了。既然大势已成，两年以后，他便在弟子们的拥护下顺势成为三一教第一任教主。
三一教不是要合三为一嘛，如今教主正式上班了，各级班子也搭建起来了，是时候起一个配得上身份的名字了。万历十二年（1584年）时，68岁的林兆恩被一众门人尊为夏午尼氏。这里用的“尼”字是很有门道的，三一教解释说孔子字仲尼，老子字清尼，释迦字牟尼，这三位圣人都是尼字辈的，作为合三教而一的圣人，林教主的名字中当然也不能少了这个“尼”字啊，这样就和三教圣人真正齐名了。从此以后天下就有了四个头衔，孔子是“儒仲尼氏执中一贯圣教度世大宗师”，老子是“道清尼氏守中得一玄教度世大宗师”，释迦是“释牟尼氏空中归一禅教度世大宗师”，林兆恩则是“夏午尼氏道统中一三教度世大宗师＂。
在三一教的门人看来，以后就不再有什么儒、释、道了，而是儒、释、道合一而夏了。按道理说我们的林教主的地位应该是在三教圣人之上的，不过儒家讲究谦虚，所以林教主就勉为其难与三教圣人平辈论交吧。
林教主享受教主的日子就不再多讲了，万历二十六年（1598年）正月十四早晨，林兆恩因病过世，寿82岁，葬在了华亭乡后角村三一教石门祠右侧山坡上。
林兆恩留下的文字不少，有学者统计过至少有45种，彻底佚失的有19种，国外有14种，而国内仅存9种。这些作品经门人弟子加以整理结集，主要有卢文辉编撰为《林子三教正宗统论》《三一教主夏午尼经》，林兆珂编的《林子年谱》，再传门徒董史编的《林子本行实录》。
《林子三教正宗统论》又称为《林子全集》，按易经中的元、享、利、贞四字分为四部，分别包括了儒家的《四书正义》，道家的《道德经释略》《常清静经》，佛家的《金刚经概说》《心经释略》《坛经讯释》，其他还有一些历史、礼制、政治、文学等方面的东西，“尽皆衍三教合一之旨，心身性命之说”，可以说是三一教最重要的一部典籍。