在刘沅看来，理学家们过于抬高自己了，根本看不起天下万民，你们全是渣渣，与我辈追求圣人之道的极少数人是有着天渊之别。为了把理学家们这股子深入骨子里的清高劲儿扳过来，让他们从这种天然就有的狭隘性和排他性的道统说里面解放出来，还正统儒学一个清白，这才是他遍注群经，并以“恒解”名之的主要原因。
当然了，刘沅并不是对汉学和宋学全面否定，而是选择性地吸收汉学、宋学，又选择性地批评了汉学和宋学，当然，批判才是我们更关心的，学术界大体总结了三个角度：传承谱系、思想体系和经书文本。在他看来，天道和人情，正于理，安于情，人情以天理为指导，比如他讲道并不是只有高尚一个属性的，日常生活的鸡毛蒜皮、家长里短都有道，三教九流谁都可以学道当圣人，就连孔圣人都说人人都可以当尧舜呢，为什么你们搞出来的所谓道统传承谱系成了少数人彰显身份的工具，不让别人知道呢？
其实刘沅的这一思想最直接的就是批驳了宋儒的主静说。当然这方面基本上只是知道一个皮毛，大概知道宋儒当时是在太极图的基础上提出主静说的，刘沅并不是否定太极图，而是不赞成从太极图入手。为此，他把太极图、无极图、先天、后天等等宋儒们盘得都包浆了的这些术语全面剖析了一遍。具体的细节就不讲了，最终结论很简单，只有五个字——“太极本无图”。
什么意思呢？太极图哪来的？盘古开天以后就挂在天上还是长在山上的？还不是某人凭空臆想出来的吗，然后把一个本就不存在的东西当成本原来研究，得出来好多好多的大道理，甚至一整套理论体系。可是，本就是无本之木，哪有正确的道理，所以说不要玩那些花哨的东西，儒家的本原就放在那里了，儒学元典、孔孟之道，你研究明白了没有？刘沅这一观点，无疑是对二程、朱熹这些所谓的大儒们窜改儒学的做法发出自己的声音，“学圣之功由此而晦”，“是其大过”。
于是，刘沅的《正讹》出炉了，批评理学的道统论、心性论、知行观等等，不过讲起来是个大话题，需要从韩愈的道统思想说起，有兴趣的道友可以自己读一读吧。
《正讹》中，注意了，敲黑板，开始点名了，韩愈、周敦颐、张载、邵雍、程颢、程颐、朱熹、王阳明，您瞧瞧，哪一个不是名垂千载，跺一跺脚都能引起江湖巨震的泰山北斗，刘沅对他们的作业则能挨个批评。
刘沅尊重元典、重视守身存身，守身就是洁身自爱，戒贪嗔痴三毒，重视修身养性、学以致用，所以讲求实际就成了他的治学思想。“道固人人所有，圣人亦人人可为；前贤以圣人望人，必不以圣人自居，好问好察，从善如流”，“天无二道，圣人无二心”，这些都是他不同于程朱理学的地方。
再说说三教的话题。
在三教经典的问题上，书呆子们只知有孔孟，狂生们目中只有儒学，完全看不到或都看不起佛、道的精义，如果你对他们讲三教互融，或者说三教可以统一在儒家元典的范畴之内的话，他们会很鄙视你的，佛、道？那是什么？庙堂上的大佬用它治理过国家吗？
刘沅在他的《感应篇注释》中表达出了刘门的宗旨，要恢复和发扬圣人之学。他所说的圣人之学是这样的：“三教虽然不同，而道则一也。何以言之？儒曰存心养性，道曰修心炼性，释曰明心见性，大旨皆求全科天命之初，以复见本然而已。故外而尽纲常、修伦纪，内而立性命、明明德，道之正也。”
这里的“复见本然”，并非专指道教，而是三教都包括在内的。儒家的“率性”讲的是心性，道教的合道也是讲的心性，佛教则讲佛性。刘沅则看到了三教在心性上的一致性，把本性中所包含的光明的一面发掘出来，儒家不是总说人性本善嘛，当然人性本恶也是他们说的。
关于心性，儒家已经讲得很多了，人性本善要证明，还要证明为什么人性有恶的一面，这是怎么来的，所以要分出理、气、神、心、意等各种维度来加以证明，反正是越讲越复杂。
刘沅在这方面则显得很有能力，在《俗言》里他提炼出来了四个字“天理良心”，奉为宇宙至理，圣人、凡人都要按这四个字来做，“方不愧为人”。
有了这四个字以后，大道至简，就可以把心性学简化，给人们指出了一些具体的行为标准，比如要遵守忠信孝悌，要克己复礼，要控制七情六欲等等，这样一来，心性学就有了具体的验证手段，有了直观的践行途径，更易于理解和把握。
刘沅对于从先秦两汉到清初的儒学发展历程中存在的诸多问题进行了总结，最后得到一个结论，就是中国的传统文化，只有以儒家元典为干，同时融汇佛、道精义，这才是完整的。在这一思想指导下，刘沅逐步构建起来了以存心养性达于至善、纯一、天人合一为核心的理论体系。
存心养性，要以动、静、内、外相结合，就是《大学》里面的“言止于至善而后定静安”。解决了静的问题后，则先天之性就有了，接着再达到至善、纯一而天人合一，这就是一个儒家的成长过程。
话有点跑，接着说刘沅的理论体系。通过存心养性达到至善，即天人合一的最高境界，这是刘沅思想的核心，是整个刘门理论体系的精髓。
就这样，刘沅构建了一定辩证唯物主义的，客观唯心主义的宇宙观，“解经尽除门户之见，不苟异同，务求当于经义”，所追求的是把儒学从越来越繁琐的哲学体系中解放出来，恢复它的本原，不被无关的东西淹没了真谛。
刘沅也不回避道家思想对儒学的影响，有一次他去新津天社山老子庙时，一时有感来了诗兴，便题诗一首：
尼山问礼存遗迹，
关尹求书启妙诠。
紫气东来原有象，
青牛西去竟无传。
说明什么呢？一直被儒家回避的孔子问道于老子的话题，刘沅认为太正常了。
这里所说的老子庙挺有意思的，它建于东汉，曾被古人赞“观楼壮丽，为一州胜宇”，明末（1644年）一把火烧没了，康熙、乾隆时期两次重修，可谓命运多舛。刘沅两次发起众筹，扩建它后规模更胜剪草，可惜，民国时期又一次大火，除了山门和混元殿全没了。1923年，刘沅的孙子刘咸焌、刘咸荣、刘咸炘等人联合了槐轩门人颜楷、熊光弼等人筹资修复老子庙，参考青羊宫的布局，耗时21年，1944年才完成。
为什么刘沅和他的后辈们这么重视老子庙呢，不仅仅是因为刘门的法言坛建在那里，更因为那里已经成了刘门的一处精神胜地。当时道士们还在庙里修了座儒林祠，供奉刘沅、刘桂文、刘松文、刘云坳等人的塑像。1966年，庙里这些牌位、塑像什么的全都毁于那场运动，万幸主体建筑被保存了下来，成为四川省重点文物保护单位。
在看佛、道对刘沅的影响。刘沅注解经书的时候也会参照佛道，但总体上以儒学为准，对佛道的理论，如果和儒学一致就接受，否则则不接受，他自己解释说，这并不是排斥佛老之学，儒释道三教旨归于一炉，但是这并非意味着我赞同那些和尚、道士的所作所为。
总体上说，刘沅不信仙佛，对于那些想成仙的人，他表示你们想多了，神仙就是圣贤，把圣贤当成仙佛来追求反而更实际一些，所以后人说他很现实，不和腐儒一般见识，又不迷信，在儒释道三者之间的平衡关系处理得相当有分寸，所以，他的思想吸收了不少道教的东西，但并不被儒家士人所排斥，这也是他能入选《儒林传》的一个主要原因。
这么看来，刘沅的学问都体现在他的书中，体现在刘门的教育中，引起了学术界对槐轩学派的各种争议，最主要的就是围绕着刘门是不是宗教，能不能称之为刘门教。