袁崇焕于崇祯二年五月二十五日自北汛口开洋出海，经大王山风中岛松木岛小黑山大黑山猪岛蛇岛虾蟆岛，二十八日泊双岛。旅顺游击毛永义来迎。二十九日，崇焕登岛岭，谒龙王庙。当晚，毛文龙至。
六月初一，毛文龙来谒拜，崇焕答拜。毛文龙不久前抢了皇太极一票，手上有钱，呈币帛给袁崇焕，作出示弱姿态。袁崇焕志在杀人，拿人钱财后不便翻脸，对此婉拒，以示清廉刚正。
毛文龙又呈酒肴，都是皮岛上下食用最多和最少的东西：海产和蔬菜。
崇焕受酒肴，茶毕，文龙出。崇焕报谒，坐文龙帐中，对毛文龙说：“辽东海外，止我两人之事，必同心共济，方可成功，历险至此，欲商进取大计，有一良方，不知患者肯服此药否?”
文龙答曰：“某海外八年，屡立微功。因被谗言，粮饷缺乏，少器械马匹，不能遂心。若钱粮充足，相助成功，亦非难事。”
崇焕回舟，免文龙谢。并告知舟中不便张筵，欲借账房于岛岸，请文龙喝酒，礼甚恭，多密语。毛文龙大喜，二更方离去。
六月初二，毛文龙迎崇焕登岛，束江将官行礼毕。袁崇焕各赏银一两，米一石，布一匹。入席，文龙健儿，带刀环侍绕，崇焕叱退。舆文龙密语’，三更辞去。
六月初三，文龙设宴，迎崇焕。袁崇便服登岛，又密语至晚。文龙有傲慢色，意悒悒不乐。当晚，崇焕传副将汪翥密谈，二更方出。
六月初四，袁崇焕颁东江三千五百七十五员名赏，军官每员自三两至五两，士兵每名一钱。并将饷银十万两发于东江。袁崇焕传徐旗鼓王副将谢叁将商谈。随后命令毛文龙，今后旅顺以东公文用毛文龙印，以西用袁崇焕印。又命令制定东江营制，同时命令准备收复镇江旅顺。毛文龙均不同意。
这些条件莫道毛文龙不同意，耿尚曹等人不同意，有脑子的人都不会同意：
我等出生入死多年，斩杀东虏不计其数，三五两银子就想把我们打发了，你当我们是叫花子？
这些年我们皮岛的战功，十几万战死兄弟的抚恤没有千万两下不来，十万两就想了结，你当我们都是傻子？
制定东江营制，就是要接管我们的指挥权。发饷银的时候你吝啬的像打发叫花子，抢权不把自己当外人，你袁崇焕算老几？你配吗？
镇江、旅顺是我们死了几万兄弟从后金手上夺过来的，是我们的钱粮重镇。你袁崇焕张口拿走城池加一半领地不给任何补偿，我们皮岛的收入大减，等于断我等生路。
你空口白牙要地盘，我们战死兄弟的抚恤只字不提，显然想将他们的遗孤老弱都饿死。我们要答应你，我们还有脸面去见死去的同袍？绝对不能答应。
毛文龙对袁崇焕本有几分好感，可他一上任就克扣皮岛军饷，封锁皮岛商路，一见面就抢权夺地盘的行为令毛文龙厌恶感大增。
六月初五，袁崇焕传东江各兵登岸，较射给赏。
毛文龙将孔家寨老兵祭出。皮岛夙来穷困，当年的孔家寨富得流油，帐下士兵真枪实弹训练严格，投奔皮岛后一直当作精锐训练使用，幸存至今者个个枪法如神百步穿杨。袁崇焕觊觎之心更甚。
毛文龙问：“袁崇焕何日行?”。
袁崇焕云：“宁远重地，来日行。今邀贵镇岛山盘桓，观兵角射。”又说：“来日不能踵拜，国家海外重寄，合受余一拜。”交拜毕，登岛山。谢叁将暗传合营兵，四面密布，将文龙于随行官百余员，绕围内，兵丁截营外。袁崇焕询问毛文龙随行各官姓名，俱曰姓毛。
毛文龙曰：“俱是敞户小孙。”
袁崇焕曰：“岂有俱姓毛之理?似尔等如此好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于尔等，倘然不能饱暖。尔等海外劳苦，每月领米一斛，且家人分食此米，言之可为痛心。尔等亦受我一拜，为国家出力，此后不愁无饷。”各官垂泣叩首。随后对文龙说：“余节制四镇，严海禁者，恐天津莱登 ，受心腹之患。今设东江饷部，钱粮由宁远运来，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登莱，又议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用?余披沥肝胆，讲至三日。望尔回头是岸，谁知尔狠子野心，欺诳到底，目中无我犹可，圣夫子英武天纵，国法岂能相容?”说完，向西请命，缚毛文龙。
毛文龙自认无罪岂肯就擒，喝问道：“袁崇焕，你休要血口喷人。我忠与朝廷，忠与皇上，为国杀贼天地可鉴。”
曹绍忠、耿仲明、尚可喜等人作梦都想不到袁崇焕翻脸比狗还快，前一刻好言好语，后一刻得就要抓人。帅帐之中不准携带兵刃，他们本能围成一圈将毛文龙护在其中。这时刘兴治藏在东江镇人群中暴然一脚踢在毛文龙大帅后背。毛大帅不曾防备摔出人群，袁崇焕亲兵一拥而上利刃环侍将他制住。
刘兴治趁东江镇同袍错愕，几步窜到袁崇焕身边，道：“毛文龙，你狼子野心劣迹斑斑，你真以为无人知晓吗？你的一切不法我都已经密报给了袁尚书。”
袁崇焕道：“尔疑我为书生，不知我乃朝廷一员大将。尔欺君罔上，冒兵克饷，屠戮辽民，残破高丽，扰登莱，害客商，掠边民，变人姓名，淫人子女，尔罪岂不应死?今日杀毛文龙，我若不能恢复辽东，愿领尚方以谢尔。”
毛文龙喝道：“你放屁。老子什么时候欺君罔上？哪件事情欺君罔上？”
东江镇将校欲要上前，袁崇焕亲兵一拥而上将他们团团围住，手中利刃顶在他们胸口上。
东江镇陈继盛喝道：“刘兴治你个三姓家奴，毛大帅待你不薄你居然如此回报。你还有没有良心。”
刘兴治道：“我只守国法不讲良心。”
袁崇焕为夺取整个东江镇，一心制毛文龙于死地，早已经丧心病狂。见到这些皮岛骨干誓死保卫毛文龙，一个杀字迟迟不能出口。如果将曹绍忠等人都杀掉，皮岛士兵都会成为自己死敌，再者这些将校悍勇无比，比关宁锦更胜一筹，平辽之战少不得他们。此时大局已定，有心劝服召降皮岛将校，道：“你私通敌寇，与皇太极来往甚密。”
毛文龙尚未开口，耿仲明破口开骂：“你放屁，毛帅与皇太极每一封信俱报告朝廷，并将鞑子使者送至京师问罪。世人皆知通敌是假，诱敌是真。你身为兵部尚书，颠倒黑白混淆是非，卑鄙可耻之极。”
袁崇焕愕然，在他印象中武将对他这般进士高官言听计从，明知错谬也不敢置喙反驳。没有想到皮岛将校如此嚣张，根本不把他这个兵部尚书（国防部长）放在眼里，居然敢撕破脸皮直斥其非。
袁崇焕精神错乱，他身边的关宁锦将校清醒得很。喝骂道：“你算个什么东西？敢指责尚书大人。就算你们把通敌书上报朝廷也不过是防止事后东床事发作的手脚。拧送东虏使者是因为皇太极没有答应你们的要求。”
放屁二字正要从耿仲明口中再次嘣出。耳听一声喝道：“住口。”耿仲明一怔。
袁崇焕已经回过神来，他除掉毛文龙的目的有三：
一是因为官员克扣、漂没军饷，毛文龙素与东林党不睦，袁崇焕平台对召第二天东林党魅钱锡龙就给他下达处死毛文龙的命令。此时阉党消亡，东林党独霸朝堂，袁崇焕若不想受到他们掣肘就得作出依附姿态，毛文龙人头就是投名状。
二是防止毛文龙作大作强，完全摆脱朝廷自成一国，以防平了东虏蛮夷又要平皮岛叛逆。
三是想对皮岛精兵如臂使指进行掌控，统一指挥平辽力量。毛文龙持有尚方宝剑，在法理上只受皇帝节制，袁崇焕若想调动皮岛兵马投入战场必须经过皇帝亲自协调。从关宁锦到北京，再从北京到皮岛，一来一去十天八天，这在瞬息万变的战争中十分致命。
袁崇焕自信杀掉毛文龙自己也能掌控皮岛兵马，是以孤注一掷。关宁锦将校的目的与显然他不同，一个“你们”意图将皮岛骨干尽数拿下全部杀死，这是公报私仇消弱民族力量，当即喝止。此时袁崇焕心念急转，意识到毛文龙不死皮岛将校绝对不会向他效忠。毛文龙的罪名要么是莫虚有，要么是各地兵将都在作，他不可能认罪，只能快刀斩乱麻，喝道：“毛文龙，你罪孽深重可达十二条，条条皆斩，听好了。
十二当斩
祖制，大将在外，必命文臣监，尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩；
尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩；
尔奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道，三当斩；
每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗又半，侵盗军粮，四当斩；
擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩；
部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千...，六当斩；
剽掠商船，自为盗贼，七当斩；
强取民间子女为妾，八当斩；
驱难民远窃人参，不从则饿死...九当斩；
拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩；
铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩；
开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩。
皇上赐我尚方宝剑就是为此。”
毛文龙惊道：“是皇上要你来杀我？”
袁崇焕跪在地上向着京城方向道：“我今天诛毛文龙，只因他独霸一方，不听朝廷命，以肃军政，各镇守将中如果再有如毛文龙者，照杀！臣五年不能平奴，求皇上亦以诛毛文龙者诛臣。”
“皇上要我死，皇上要我死。君要臣死，臣不得不死。孩儿们都让开吧。”毛文龙颓废道。
耿仲明、尚可喜等人虽然狂妄自大，对皇权还是相当敬畏，天高皇帝远时不以为意，一时皇权压顶人人犹豫不决，双拳不由垂下来。
袁崇焕暗喜：“你们忠于皇上就好，我是皇上在辽东的代理人，你们就算不满意也得按我的命令去作。”喝道：“拿下，推出去斩了。”
毛文龙一世英豪，就这样稀里糊涂被袁崇焕杀害。细想袁崇焕的十二条罪名，无一真实有效。