六个重臣退出了乾清宫懋德殿，商议一番后，决定由孙传庭巡视京营和上直二十六卫，卢象昇亲提京师九门，张惟贤、朱纯臣巡视五城兵马司，孙承宗、袁可立则在离乾清宫咫尺之遥的西阙太监直庐过夜，随时听候传唤。
中书省、枢密院、六部、御史台大臣也都不敢回家，全体留宿朝内，谓之\"朝宿\"
此后几天亦复如此，不久，内廷传来消息:\"圣体稍安！\"
孙承宗兴奋得直搓手，和袁可立联名上了一个札子呈上:\"臣等欣闻圣体转安，欣喜之至。今省、部、台、院大臣皆朝宿，宜降旨令各回办事，以安人心，而臣等仍昼夜在内不敢去。\"
常洛命曹化淳传旨，命各官散去，而孙承宗、袁可立仍每日三次问安。
过了七八天，常洛觉得身体大有好转，遣曹化淳慰劳孙承宗、袁可立，命他们回家休息。朝中大臣闻讯，莫不欢欣鼓舞。
泰昌八年八月初一，张献忠、孙可旺带着郑芝龙回到了京师。
常洛抱病在仁德门接见郑芝龙，时朱由检侍立在旁，孙承宗、袁可立、孙传庭、卢象昇也在侧。
张献忠将郑芝龙带了上来，郑芝龙跪伏在阶下，三叩首口称万岁。
袁可立奉旨问话:\"郑芝龙，陛下待你不薄，你却在福建沿海胡作非为，是何道理？\"
郑芝龙根本不认为自己有罪，梗着脖子辩解，又重提澎湖海战和吕宋海战的功劳，并且反过来阴阳朝廷言而无信，没有兑现当初的承诺。
孙承宗大怒，指着郑芝龙喝道:\"满口胡言！你本是个海贼，陛下天恩浩荡宽宥你，你不思报效，反而心怀怨恨，可见贼心不死！\"
郑芝龙这才意识到大势不妙，赶紧伏软，叩头不止，说道:\"罪臣错了，若蒙陛下宽恕，一定洗心革面将功赎罪。\"
袁可立见皇帝一直一默如雷，拱手说道:\"陛下，以臣愚见，郑芝龙拥兵自重，屡屡扰害福建地方，应交三法司审理定罪。\"
常洛点了点头，张献忠将郑芝龙带了下去。
袁可立说道:\"郑芝龙在福建民愤极大，如今既己到案，不如命他修书一封将他那些党羽悉数召到京师来，该杀的杀，该关的关，以绝后患。\"
孙承宗、孙传庭、卢象昇亦持此议。
常洛问朱由检:\"太子，你以为如何？\"
朱由检看了看孙承宗、袁可立，又看了看孙传庭、卢象昇，心中暗自思忖，父皇若是认可四位重臣的意见，便不会这样问他了，于是说道:\"以儿臣之见，处置郑芝龙还是审慎一些的好。\"
常洛问道:\"为何？\"
朱由检缓缓答道:\"郑芝龙虽有罪，但亦有功，况其麾下战船、水兵甚多，若对其对手，恐引起东南沿海动荡，倭寇或将乘虚而入。不如暂且留他性命，令其戴罪立功，率部抵御外敌，也好让他那些旧部看到朝廷的大度与仁慈，日后忠心效力。”
常洛不置一词，几位重臣也陷入沉思。
孙承宗率先开口：“殿下宅心仁厚，只是郑芝龙此人反复无常，难以信任。”
朱由检接着道：“可派人严加监管，若他再生异心，再行惩处不迟。”
孙承宗道:\"郑芝龙之徒长年在海外游荡，一旦放走就再也抓摸不着。\"
朱由检一时语塞，不知何以应答。
常洛命孙承宗、袁可立、孙传庭、卢象昇议一个稳妥的法子，既不能逼反郑芝龙，又能给他的嘴巴套一个嚼子。
次日再次觐见时，袁可立禀报道：“陛下，可令郑芝龙将其子郑森及其家眷送入京城为质，郑芝龙本人亦需居留京师，其部众则由郑芝彪郑芝豹率领驻扎在吕宋岛，不许靠近浙闽粤三省。”
常洛向袁可立投去赞赏的目光，说道:\"此计甚好，只怕郑芝龙不肯。\"
袁可立愤然道:\"陛下天恩浩荡，他若再不改悔，那就只能一杀了之了。\"
常洛说道:\"这样吧，袁先生去跟郑芝龙说，将来太子妃诞下公主，以郑森为驸马。\"
众人皆大惊失色。
孙承宗拱手道:\"郑芝龙说破天亦是一介海贼，其子怎堪尚我金枝玉叶之公主？请陛下收回成命。\"
常洛神思倦怠，微闭着双眼说道:\"郑芝龙之子郑森年方三岁，若善加教导，未必不能成就大器。若能因着一桩姻缘平定东南半壁江山，未尝不是一件好事。就这样定了吧。\"
孙承宗、袁可立、孙传庭、卢象昇均十分不愿意，却也不敢多言，沉默半晌一齐拱手告退。
常洛睁开双眼，怔怔地看着四人，眼中满是不舍，两行泪水不由自主地淌了下来。
袁可立来到关押郑芝龙之处，将皇上之意告知于他。
郑芝龙先是一愣，随后大喜过望，连忙伏地谢恩。他深知这是家族飞黄腾达的绝佳机会，连忙修书一封，命郑芝彪护送郑森到京师来。
消息传出，朝野上下一片哗然，许多大臣纷纷上奏反对这门亲事，称以公主尚海贼之子实在是有辱国体。
但常洛心意已决，力排众议，表示自己此举是为了稳定东南半壁江山。
泰昌八年九月十二日，常洛再次昏迷不醒，孙承宗、袁可立、孙传庭、卢象昇等大骇，昼夜守在乾清门外。
九月十四日，常洛终于苏醒，然后马上召见六辅臣。
孙承宗等六人并排跪在御榻前，哭泣着问安。
常洛脸色惨白，无力地倚坐在御榻上，抬了抬手，\"卿等平身，勿须行此大礼。\"
又命孙传庭伸手上来，自己的手靠着榻上的矮几上伸过去，抓住孙传庭的手，一面望着朱由检，一面对着六辅臣托孤，声音十分微弱:\"以天下累先生等。\"
尔后命曹化淳宣渎遗诏。
给太子的遗诏写道:\"遗诏，说与皇太子知，朕不豫，皇帝该你做，轻傜薄赋，善视吾民，克勤克俭，躬德自厚，薄责于人，进学修德，礼遇大臣，慎勿懈怠，善守祖宗江山，不然，非吾之子，钦此。″
给顾命大臣的遗嘱写道:\"朕嗣祖宗大统，今己十年，偶染此疾，遽不能起，有负先皇付托。朕自御极以来，得卿等佐辅，幸得削平建奴，方今西北大旱，东南大水，正是国家多事之时，卿等当勉力为之，辅佐太子度此危局，功在社稷，万世不泯。朕崩之后，丧事从简，所省银两发往陕西，不禁民间嫁娶，一切以不扰民为要。钦此。\"
孙承宗等听完皇帝遗诏，大为悲恸，哭得不能自已，袁可立哭得晕了过去，掐了半天人中才苏睡过来。
六人跪在地上边哭边奏:\"臣等得此知遇之恩，万死无以为报，祖宗法度俱在，臣等定当竭力辅佐，望皇上无以后事为忧。\"
大恸长号不止。
朱由校、朱由检亦掩面大哭。
几名内侍扶起六辅臣，长号而出。
乾清门外，张献忠以头抢地，哭得声嘶力竭。
正这时，内侍出去宣:\"张献忠、孙可旺觐见！\"
张献忠进入寝殿内，看到虚弱的皇帝，赶忙跪下，抱着常洛的腿涕泪横流，大叫:\"干爹！干爹！你撇得儿子好苦啊！求求你，把儿子也带走吧！\"
常洛微睁双眼，不发一语。
张献忠突然爬起来，向柱子上撞去，孙可旺眼疾手快去抓，却没抓住。
只听\"嘭\"地一声巨响，张献忠直愣愣撞在柱子上，头上立即血流如注，再去撞时，被孙可旺死死摁住。