在大傻谷经历了一系列离奇事件后，子麟与小智一行人再次启程，踏上了前往红莲道馆的路途。值得一提的是，小智他们在大傻谷中意外获得了一个神奇宝贝的蛋，而这个蛋在旅途中悄然孵化，一只可爱的波克比就此加入了他们的队伍，为旅途增添了不少乐趣。
一路上，他们时常遭遇挑战者的阻拦，而神奇宝贝之间的切磋也成为了他们修行路上不可或缺的一环。
某日，小智满怀信心地对子麟说：“子麟，这次轮到我上场了。”
子麟微笑着回应：“好，你去吧。”
小智派出了妙蛙种子，与对手的登山男的铁甲犀牛展开激战。战斗中，妙蛙种子凭借其灵活的藤鞭战术，成功将铁甲犀牛击败。
然而，战斗结束后，妙蛙种子却突然显现出身体不适的迹象，这让小智等人顿时紧张起来。
小智焦急地呼喊着：“啊啊啊，妙蛙种子你怎么了？”
小刚见状，连忙催促道：“别慌，快把它送到神奇宝贝中心去。”
于是，小智、子麟等人加快步伐，迅速将妙蛙种子送往神奇宝贝中心。
在神奇宝贝中心，经过乔伊小姐的细致检查，发现妙蛙种子的不适实则是即将进化的预兆。这一发现终于让小智一行人悬着的心放了下来。
乔伊小姐安慰道：“不用担心，小朋友，你的妙蛙种子就快进化了。进化后，它会变成妙蛙草。”
小智好奇地问道：“那我的妙蛙种子什么时候会进化啊？”
乔伊小姐微笑着回答：“你先等一下，跟我来。”
就这样一行人原本打算在神奇宝贝中心稍作休息，但乔伊小姐好像突然想到了什么，带着大家来到了窗户口。此时，他们惊讶地发现，神奇宝贝中心屋外草坪上的花朵竟然再次迅速绽放。
小霞激动地喊道：“你们看，外面的花又开花了！跟刚才一样耶”
小智疑惑地问道：“跟刚才一样？”
小霞解释道：“刚才送妙蛙种子进来的时候，花地里的花就突然开花了。”
小刚补充道：“不止如此，那些花还都发出了亮光。”
乔伊小姐走过来，为大家解释道：“你们几个来得正是时候。据说，每年的某个时期，妙蛙种子们会不知从何处涌来，聚集在一起，举行类似庆祝进化的庆典。这个庆典似乎与月亮的圆缺和星星的运行有关，而且并不总是在每年的同一季节举办。”
女孩子们听到这里，不禁感叹道：“好浪漫啊！”
小刚也说道：“看来我们好像是迎接了一个重要的时刻。”
巴贝娜和荷莲娜好奇地问道：“那么进化是在哪里发生的呢？”
乔伊小姐回答道：“据说是在一个叫不思议花园的地方。不过，到目前为止，还从来都没有人亲眼见过那个地方，所以有些人认为那只是幻影。”
小智坚定地说道：“不，我不认为那些花是幻影。我相信不思议花园一定存在于某个地方。”
小春也憧憬地说道：“不思议花园啊，听起来好浪漫的样子，我真的好想看看。”
就这样，大家再次围绕不思议花园的话题热烈讨论起来。而子麟却远远地看着那些花发呆，不知道在思考着什么。
夜深人静之时，众人皆已入睡，唯有子麟与凯路迪欧在深夜进行训练。也只有此时，子麟才能光明正大地拿出凯路迪欧，与他默默交流并共同训练。
“凯路迪欧，再用一次波导弹。”子麟指令道。
“好的，子麟。”凯路迪欧回应，轻松汇集能量，炸毁了一些树木。
“很不错，凯路迪欧，你又变强了。”子麟称赞道。
凯路迪欧则问起：“子麟，你还记得大傻谷的事情吗？”
“我当然记得，那次多亏你英勇奋战，不然的话我们可能都会没命了。”子麟回答。
凯路迪欧继续道：“我不是说这个，自从那次之后，我感觉头上有点痒，好像要长出什么东西，这是不是圣剑觉醒的前兆？”
子麟闻言，思考片刻后回答：“嗯，应该是吧。不过凯路迪欧，你的圣剑是所有圣剑士中最难觉醒的，不过，按理说应该是先领悟剑的重量才对的啊”
然而，子麟的话被凯路迪欧打断：“又是剑的重量，到底是什么？哼，子麟，我会证明给你看，就算不明白剑的重量，我也会成为一名优秀的圣剑士。”
子麟作为它的训练家，当然能理解凯路迪欧现在的心情，但当他正想去劝解的时候，却发现小智的妙蛙种子和皮卡丘不知为何突然从宝可梦中心走了出去。
于是，子麟决定先收回凯路迪欧，跟上去看看情况，凯路迪欧的事日后再议。
他轻声自语“他们这是在梦游吗？可不对啊，我与小智他们一起旅行了这么久，我怎么不知道这两个家伙有梦游的习惯”
为了不打草惊蛇，子麟小心翼翼地跟随着皮卡丘和妙蛙种子。很快，他靠近了皮卡丘，轻轻拍了拍它的小肩膀，问道：“皮卡丘，你和妙蛙种子大半夜不睡觉，在做什么呢？”
皮卡丘先是被吓了一跳，但看到是子麟后，便放松下来，用叫声解释道：“皮卡，皮卡，皮卡皮。”（意思是：我跟着妙蛙种子出来的，我发现它睡觉时有些不对劲。）
子麟惊讶地问：“什么？你是因为发现妙蛙种子不对劲才跟出来的？”
皮卡丘正准备继续解释，却突然听到一声呼唤：“种子……”紧接着，小智的妙蛙种子被一群妙蛙种子用藤鞭拉走了。
皮卡丘想追上去，但被子麟拦住了。他分析道：“皮卡丘，这些妙蛙种子应该没有恶意，他们可能是想把小智的妙蛙种子带去某个地方。你先去告诉小智他们这个消息，我去追妙蛙种子。”
皮卡丘思考片刻，决定听从子麟的建议，立刻转身跑去告诉小智他们。而子麟则紧随其后，追踪那些妙蛙种子的行踪。
一路上，子麟遇到了许多妙蛙种子，它们似乎都在朝着同一个方向前进，这更加证实了他的猜测。值得一提的是，这条路上布满了陷阱，但凭借危机预感，子麟轻松避开了它们。
他紧随其后，来到了一片广阔的空地。再往前几步，一棵巨大的枯树映入眼帘，树上没有一片叶子，显得死气沉沉。而在这棵枯树的周围，已经聚集了几百只野生的妙蛙种子。
“看来，这里就是不思议花园了。”子麟心中暗自揣测。
突然，妙蛙种子们唱着欢快的歌曲，空气中漂浮着会发光的花粉，这些花粉朝着枯树汇聚而去。霎时间，枯树仿佛被赋予了生命，树枝上开出了花朵。
紧接着，地面传来了一阵剧烈的震动，一只巨大的妙蛙花缓缓从枯树的树洞中走了出来。
它那庞大的身躯、强健的四肢以及背后宛如巨坑的花苞，都让子麟意识到这只妙蛙花的强大。
他仔细观察后发现，这只妙蛙花居然拥有准天王的实力。在野外能遇到如此实力的精灵，实属难得。这让子麟不禁联想到了之前在大傻谷遇到的小茂的妙蛙花，陷入了沉思之中。
那头目妙蛙花出现后，开始帮助妙蛙种子们吸收空中光粉的能量。光粉汇聚在妙蛙种子背上的种子上，这些种子不断聚集着能量，发出了亮光。紧接着，亮光从种子上开始向全身扩散，覆盖住了妙蛙种子们的全身。在光芒的照耀下，妙蛙种子们纷纷进化成了妙蛙草。
然而，小智的妙蛙种子却是个例外。它的身上同样散发着进化的光芒，但表情却显得异常痛苦，似乎在刻意压制着什么。
子麟见状，不禁疑惑道：“这家伙难道不愿意进化吗？还真有这种事啊。”
这一异常举动很快引起了其他妙蛙草和妙蛙花的注意，尤其是那只头目妙蛙花，已缓缓向小智的妙蛙种子逼近。
突然，头目妙蛙花发出愤怒的鸣叫：“巴呐……，巴呐……”（为什么不进化？）
妙蛙种子慌张地回应：“种子……，种子……”（我不想进化，我就想以现在的样子，陪伴在训练家身边一起变强。）
妙蛙花听后更加愤怒，继续说道：“巴呐……，巴呐……”（你真愚蠢，不进化又怎么能变强？不变强又怎么样才能一直留在训练家身边？太过弱小的宝可梦最终只会被训练家抛弃。所以，想留在训练家身边的话，就快点进化吧！）
妙蛙种子拼命摇头：“种子……，种子”（不是的，我的训练家就算我这样也绝不会抛弃我。）
妙蛙花闻言已怒不可遏，直接向妙蛙种子施展了藤鞭技能。
“巴呐……，巴呐……”（愚蠢，接下来就让你见识一下进化型与未进化之间的差距吧！）
然而，就在藤鞭即将触碰到妙蛙种子的瞬间，小智猛地出现在它面前，勇敢地挡下了这一击。妙蛙花领导的妙蛙草群见状，迅速将小智一行人团团围住，气氛瞬间剑拔弩张。
面对这紧张的对峙，子麟意识到自己是时候该登场。
另一边，由于小智的介入，双方开始初步的沟通，了解了彼此因理念而产生的冲突，但双方仍僵持不下。就在这时，子麟悄然出现在众人身后，轻轻拍了拍小智的肩膀。
“小智，你做得很好，接下来就交给我吧。”子麟平静地说道。
小智好奇地问：“哎，子麟，你刚才去哪了？皮卡丘它说你…………”
子麟没有直接回答，而是缓缓走向前，准备与妙蛙花进行对话。在场的其他人见到子麟的到来，都松了一口气。
子麟温和地对妙蛙花说：“妙蛙花，我不知道你曾经经历过什么，让你对进化有着如此执着的追求。但我要告诉你的是，人与宝可梦之间的关系，并非人与工具的关系，而是真正的‘伙伴’关系。刚才小智和他的妙蛙种子已经向你展示了这一点。”
妙蛙花听后，果然露出了犹豫的神色。子麟心中暗自猜测：果然这个妙蛙花是被抛弃的神奇宝贝吗？所以才这么渴望力量吗？所以它是在小智的妙蛙种子上看到了过去的自己吗？
子麟趁热打铁补充道：“妙蛙花，如果是我们不小心破坏了你们的庆典，我们愿意道歉。但是，你们现在没有必要强迫它进化。而且，小智…………”
接着，子麟转向小智，问道：“小智，未来无论妙蛙种子变成什么样子，你都不会抛弃它，对吧？”
小智有点不明所以，但是还是坚定地回答：“那是当然，不管未来怎么样，我都不会抛弃妙蛙种子的。”
妙蛙花闻言，惊讶地望向小智，妙蛙种子也满眼星光地看着小智。
子麟又看向妙蛙花：“怎么样，妙蛙花已经明确表示，无论妙蛙种子变成什么样子，他都不会抛弃它。你为什么不愿意相信呢？”
在场的其他人听完子麟的话后，都不禁感到迷惑，而只有妙蛙花看着众人坚定的眼神陷入了沉思。
在场众人皆感困惑，唯有妙蛙花凝视着众人坚定的眼神，陷入了沉思。片刻后，妙蛙花凝视小智，问道：“巴呐…，巴呐…”（“你真的永远不会抛弃他吗？”）
众人不解其意，但子麟、巴贝娜和荷莲娜可不是普通人，迅速为大家翻译。
子麟道：“小智他在问你，你是不是永远都不会抛弃妙蛙种子。”巴贝娜和荷莲娜点头附和。
小智毫不犹豫地回答：“当然，妙蛙种子是我的伙伴，我又怎么会抛弃它？”
妙蛙花听后，凝视着小智坚定的眼神，陷入了沉思。
没有人知道此时此刻的妙蛙花在想什么。
但是很快，妙蛙花突然展现了它的力量，运用草系能力让身后的大树瞬间开花。紧接着，它再次蓄力，发射出一道强大的阳光烈焰，轻松夷平了一个小山丘。这一壮举震惊了在场的所有人，包括妙蛙草等宝可梦，连子麟也对霸主妙蛙花的实力感到惊叹，对它的喜爱之情更甚。
妙蛙花转向妙蛙种子，说道：“巴呐……，巴呐……”（看到了吗？这就是进化后的力量，只有拥有这样的力量，你才永远不会被你的训练家淘汰。即便如此，你还是不愿意进化吗？）
此时，众人不用子麟他们翻译就瞬间明白了妙蛙花的意图。
“哇，它能控制自然，真是太神奇了！”小霞感叹道。
“没想到它进化后竟然有如此强大的力量。”小刚也感叹道。
“那个阳光烈焰太可怕了，山丘都变成了灰烬。”巴贝娜和荷莲娜心有余悸地看着那片废墟。
然而，妙蛙种子却依然别过头去，虽然它什么都没说，但它的态度已经表明了一切。妙蛙花见状，也明白再劝也无济于事。
然而，妙蛙种子依然保持沉默，它的态度已经说明了一切。
妙蛙花见状，无奈地摇了摇头，最后深深地看了小智一眼，用宝可梦的语言说道：“巴呐…，巴呐…”（希望你能履行你的诺言。）
随后，它便带着剩余的妙蛙草和妙蛙种子准备离开。
小智一脸茫然地看着子麟，子麟解释道：“它说希望你好好照顾妙蛙种子。”
小智坚定地点头回应：“当然。”
就在这时，火箭队突然现身（省略熟悉的开场白），趁机抓走了大量的妙蛙种子和妙蛙草。
火箭队得意洋洋地宣布：“接下来，这些妙蛙草和妙蛙花就是我的了。”说完，便操作热气球上的机器开始吸取地上的妙蛙草。
见此情景，子麟立刻召唤出比雕，准备用空气斩结束战斗：“比雕，空气斩！”
然而，比雕的攻击还未发出，就被小智的妙蛙种子抢先使用了阳光烈焰。火箭队因此被击飞，妙蛙草们也因此得救。
妙蛙花对着那只妙蛙种子发出“巴呐”的叫声，表达着谢意。随后，它主动向小智的妙蛙种子伸出藤鞭，表示友好，就像人类的握手一样。显然，这只妙蛙花已经认可了小智的妙蛙种子。
就在事情即将结束，妙蛙花准备带领妙蛙草离开时，子麟喊住了它：“妙蛙花，等一等。”
“子麟你要做什么啊？”小智看着将妙蛙花喊停的子麟问道。
不过子麟并没有理会小智的疑问，而是来到了妙蛙花身前，对着妙蛙花说道：“我有一个冒昧的请求，不知道你能否答应？”
妙蛙花听后，对着子麟点了点头，示意子麟说出他的请求。
见到了妙蛙花答应之后，子麟就在众人疑惑的眼神中对着妙蛙花说道：“我想要收服你，和我一起去旅行！和我来一场收服战吧！”
早就想收服你了，这么强劲的助力，我可不想放过。没错，自从子麟在大傻谷看见过小茂的那只妙蛙花的阳光烈焰后，子麟很早就想自己有一只了。
小智和其他人听后都惊讶地发出了“啊，什么？”的声音。
不过很快，妙蛙花似乎也听懂了子麟的话，它人性化地歪头思考了一番，然后看着子麟那充满斗志的眼神，仿佛看到了曾经的自己。
是啊，自己有多少年没看见过这种眼神了？是啊，曾经的他也是用这种眼神看着自己的能？，是啊，曾经的我也是一个………
于是，它笑着对子麟点了点头，表示答应了子麟的请求。
“巴呐…………”