在没有商启的火影忍者世界，时光悄然流逝，平静的表象下暗流涌动，整整十年，这份平静不过是暴风雨前的宁静。
各国的目光，紧紧盯着风之国的砂忍村。那是当世最强者商启最后现身的地方，哪怕他已隐退不见，留下的余威与谜团，仍让整个忍界为之忌惮。
就连木叶村，这个向来以正义与和平自诩的忍者村落，也悄然派出了间谍，
试图从砂忍村的一举一动中，探寻出商启的秘密，或是他留下的足以改变忍界格局的力量。
当一尾守鹤出现在风之国的消息传开，整个忍界瞬间绷紧了神经。
各国都清楚一尾的强大力量，生怕它也被商启纳入麾下，到那时，整个世界的力量平衡将被彻底打破。
五大国中与风之国最近的土之国岩忍村，率先按捺不住，开始了试探性的行动。
在鸟之国边境陈兵列阵，一副便会立刻挥师进攻风之国的架势。
然而，他们还没探知到商启的踪迹，就遭遇了意想不到的阻碍。
五具高达三十米的金属傀儡，如同从天而降的巨人，横亘在岩忍部队前进的道路上。
金属傀儡周身散发着冰冷的气息，关节处的齿轮转动，发出沉闷而压抑的声响。
大野木望着这些巨大的傀儡，心中大惊，以为商启不再隐退，出山迎敌了。
这位土影见识过商启的恐怖实力，当下不敢轻举妄动，赶忙发表通告，声称岩忍部队只是在练兵，无意入侵风之国。
他的话语，像是给自己找了个台阶下，却也暴露了内心的恐惧。
原来，这五具金属傀儡，是赤砂之蝎的杰作。
这位五代风影，一直对傀儡术有着独特的痴迷与天赋。
他仿照楼兰傀儡，在金属傀儡中安上了以格雷尔之石为核心的动力源，使其能够驱动如此庞大的身躯，与多变的攻击性。
说起这格雷尔之石，还有一段奇妙的经历。一众傀儡师在海边研究利用海水转化淡水时，意外发现了一艘奇怪的要塞船只。
那艘船力来源，正是格雷尔之石。这种石头蕴藏着大量的查克拉能量，古代人们曾以此矿石建立起巨大的超文明。
赤砂之蝎带领砂忍部队，经过一番激烈的战斗，击败了这艘要塞战船，获得了格雷尔之石矿脉的秘密。
随后，他凭借着自己精湛的傀儡术，用格雷尔之石制造出了梦寐以求的高大傀儡，成功震慑住了岩忍村的进犯。
与此同时，没有与风之国接壤的雷之国云忍村，也不甘示弱，派遣部队借道土之国，打算向风之国砂忍村施压。
然而，他们万万没想到，这一决定却让自己陷入了一场绝境。
三代雷影艾，被大野木狠狠地坑了一把。云忍部队在土之国的土地上，突然遭到了岩忍部队的围攻。
一时间，喊杀声震天，忍者们的术式光芒交错，血与火在大地上蔓延。
三代雷影艾，面对数万岩忍部队的围攻，没有丝毫退缩。他以一己之力，如同一座巍峨的山峰，顶住了敌人的疯狂进攻。
他的身体周围，雷电肆虐，发出震耳欲聋的轰鸣，每一次出手，都能让岩忍部队的士兵倒下一片。
但敌人实在太多了，艾在战斗中逐渐感到力不从心。
最终，他为了给云忍部队争取撤离的机会，英勇牺牲，客死土之国。
云忍村在悲痛之余，由夜月大郎继任四代艾，成为第四代雷影。
在岩云两村打得不可开交之时，一直隐藏实力的木叶村，却在暗中捕获了复苏的五尾穆王，并将其封印在了拥有漩涡血统的波风鸣人体内。
至此，忍者世界的尾兽分配格局发生了重大变化。砂忍村拥有一尾守鹤，雷隐村拥有二尾又旅，雾忍村拥有三尾矶抚，岩忍村拥有四尾孙悟空，木叶忍村拥有五尾穆王，而六尾犀犬，却依旧不见踪影。
一尾守鹤因为商启留给砂忍村的封印术，完美地封印在了五代风影赤砂之蝎与新任楼兰女王萨拉之子——赤砂天启身上。
这个孩子，天赋异禀，有望成为第三个傀儡与控砂同修之人，前两个分别是二代风影沙门与四代风影商启。
就在忍界的战争愈演愈烈，各国陷入混乱与纷争之时，一个天外来客的降临，彻底打破了原有的局面。
大筒木浦式，这个拥有白眼、写轮眼、轮回眼三大瞳术的人，背着红色发光的鱼篓，手持查克拉鱼竿，出现在了忍界。
他擅长使用血继网罗“黄泉比良坂”，能够在不同的空间中自由穿梭。
他用一个像乌龟一样的道具“犂”，穿越到了这个时空，而他的目的，是收集尾兽查克拉。
他的行动迅速而果断，很快就收走了雷隐村的二尾又旅、雾忍村的三尾矶抚和岩忍村的四尾孙悟空。
这一系列举动引起了整个忍界的恐慌，五村为了共同对抗浦式，组成了联合忍者部队。
于是，联合忍者部队迅速组建，木叶村在这场战斗中，爆发出了惊人的力量。
数位可以使用仙术的强者，实力夸张的新生代，纷纷挺身而出。
其中，第五代火影波风水门之子波风鸣人，与宇智波新的天才宇智波佑助，在战斗中突然觉醒了强大的阳之力与阴之力。
这两种力量相互配合，波风鸣人与宇智波佑助凭借着这股力量，成功地将大筒木浦式封印。经此一役，忍界终于迎来了真正的和平时代。
而那穿越时空的道具“犂”，在战斗结束后，落入了退位的大蛇丸之手。
大蛇丸，这个向来对未知力量充满好奇的忍者，在战胜大筒木浦式之后，前往风之国交流。
在风之国，他利用龙脉之力和“犂”，成功穿越到了海贼王世界。
商启当年就是因为这穿越世界的时空之力，还有贝加庞克的加速机器，被传送到了6年后。
大蛇丸在穿越到海贼王世界后，遭遇了前所未有的困境。
他体内的查克拉无法补充，在茫茫大海上，差点沉入海水之中。
为了重新使用忍术，他加入了血统因子的研究。
在研究过程中，他提取了露娜利亚族的血统因子，还有一缕母火种，对自己的身体进行了改造。
经过改造，他终于能够借用母火种施展忍术，连移植的轮回眼和写轮眼也能够正常使用。
他轮回眼的能力是饿鬼道的吸收能量，所以自我改造之后，大蛇丸能够自由吸收能量，在体内生成母火种。
因为穿越过来的身体是女性，所以他现在被称为大蛇姬，但他还是喜欢别人叫他大蛇丸。
同时在大蛇姬的记忆之中，日向日足虽然被杀，但日向一族又出了一个宗家的日向雏田，她对波风鸣人十分迷恋。
日向一族也不是只有木叶忍村有了而在风之国砂忍村，还有一支特殊的日向一族。
他们是当年被商启在战场上俘虏的日向宗家，被三代风影裂磁拉去配种，繁衍出的砂忍日向一族。
这支日向一族，不同于木叶日向一族只练柔拳，他们更偏向于医疗与勘测矿产。
也正是因为他们的存在，当木叶忍村与砂忍村有矛盾的时候，木叶村都不敢轻易调动日向一族分家。
因为砂忍日向一族也学会了笼中鸟的控制咒印，还有设下笼中鸟之后的弱点，这样使得木叶日向一族逐渐放弃了笼中鸟这一术咒。
至于那个宇智波佑助，他是宇智波富岳的堂弟之子。