孵化出了波克比后，小智一行人便继续旅行，途中跟路人训练家对战。
妙蛙种子对战完了，背后的种子发出蓝光，到宝可梦中心检查后才知道是快要进化的征兆。
妙蛙种子是不想进化，皮卡丘就开导它，但妙蛙种子却被其他妙蛙种子给绑走，要到它们举行仪式的地方进行进化。
不想进化的妙蛙种子被妙蛙花、妙蛙草给敌视，小智站出来替妙蛙种子挡住藤鞭，并尊重妙蛙种子的意愿。
后面就是火箭队出场，用一个强力吸就统统把它们一锅端走，最后还是妙蛙种子在情急之下悟出了阳光烈焰，才帮助了妙蛙草它们逃离火箭队的魔爪！
最后妙蛙种子得到妙蛙花它们的认可！
.......
【希巴：肉身接宝可梦的招式，又强又勇！】
【丹帝：无论是黑小智还是白小智，他们都很尊重宝可梦的意愿。即使不进化，也能够通过锻炼变得更强，妙蛙种子还在火箭队的助攻下掌握了阳光烈焰，果然，宝可梦不进化也能变得很强！】
【大吾：妙蛙种子的个性很倔强，跟小智、皮卡丘有点像，它可能也知道皮卡丘不进化靠着自己锻炼的能力也能打败进化型的雷丘，所以它也想着自己不进化也能像皮卡丘这样！】
【大木博士：皮卡丘这个老大哥起了带头作用啊！】
【希罗娜：小智很看得开，对宝可梦是否进化没有过多要求，对宝可梦的安全倒是很上心！】
终于被夸了一次，总算不是吐槽了！
看着黑光幕跟弹幕，小智难得露出怡然自得的神情。
.......
白世界—
小智一行人参加了警犬卡蒂狗的训练，想让皮卡丘变得更强。
一大早就要体验一下君莎小姐跟卡蒂狗的训练，小智跟皮卡丘状况百出，挑战失败。
火箭队又来，他们利用化学武器来干扰卡蒂狗的嗅觉，同时还让小智一行人和君莎的声音发生改变，这个时候，卡蒂狗被火箭队伪造的君莎声音误导，误以为火箭队才是自己的主人。
但被跟小智羁绊深厚的皮卡丘给识破，没有被火箭队给骗到。
最后将火箭队给打跑！
紧接着小智一行人参加了宝可梦检定考，宝可梦检定考是给成人或者是无法进行道馆旅行的人举办的一种相关考试，如果可以在检定考中合格，那么也拥有参与宝可梦联盟的资格。
宝可梦检定考中，除了实战之外，对宝可梦的理解也是训练家需要掌握的内容，在第一场考试中，以判断题的形式呈现，考生必须选择o或者是x来判断是否正确。
第二场考试一样是笔试，而这次要的就是根据剪影来猜出正确的宝可梦。
但好像不怎么是小智的长处。
第三场的宝可梦对战非常有意思，因为它并非是普通的宝可梦对战，而是要选择教官随机准备的精灵球，用陌生的宝可梦来对战。
小次郎选择的是喷火龙、妙蛙草以及皮卡丘，而小智选择的则是双弹瓦斯、阿柏怪以及喵喵。
最后火箭队输不起，又想干坏事，但还是跟以往一样被打飞。
经历了宝可梦检定考之后，小智觉得靠自己收集徽章还是比较适合自己。
后面他们来到了一家非常火爆的抚养屋，偶然发现这家抚养屋居然是火箭队盗走寄养的宝可梦。
不过，小智一行人发现这次干坏事的火箭队不是之前的火箭队三人组，而是武藏他们的队友，他们的关系不太友好。
最后还是靠小霞挺身而出，搜集了火箭队的罪证解救了小智小刚他们。
经历了很多事情，小智一行人终于是要到红莲岛！
至此，白光幕的画面消失！
.......
【柚莉嘉：原来火箭队还有团伙的，我一直以为火箭队只有他们三个！】
【希特隆：我看着那两个新的火箭队的面孔好像要比武藏她们要强。】
【小智：还是一样被我们打败。】
【希巴：火箭队出场都这一套台词吗？感觉挺尴尬的。】
【喵喵：我们才是原创，况且亚玛多跟小三郎他们又比不上我们！】
.......
黑世界—
小智一行人就在休息，皮卡丘也没有注意吃苹果噎住，但看到了火箭队。
他们已经是老相识，所以一看到火箭队，小智就知道火箭队想干什么，跟过去一看，火箭队果然是想抢走医院里面的宝可梦。
皮卡丘提前将他们给打飞，好让医院的宝可梦有一个没有人打扰且平静的地方治疗。
解决完了火箭队，小智一行人也来到了另一城镇。
由于是三月三日，是女儿节，小智陪着小霞一起逛街，小刚则是到处逛逛，看看能不能看到什么好看的大姐姐，另外让他们两个单独相处一下。
吃的、喝的、玩的......小智都陪着小霞。
两人都很快乐地玩着，难得享受二人空间。
得知了这里还即将准备举行化妆大赛，为了那些玩偶，小霞想要参加，化了妆，将头发放下来，气质瞬间变得很不一样。
见到不一样的小霞，小智眼睛明亮，直夸小霞。
闻言，小霞露出了羞涩的笑容！
.......
【小刚：幸好黑世界的我没在，不然吃得够饱！】
【花子：黑小智很开窍啊，会主动带着小霞到处玩耍，嘴也很甜，会夸女孩子，小智你要多学学，黑小智身上有很多需要你学学的！】
【小茂：够小智学好久了，说不定他现在还是直男一个，只对宝可梦上心呢。】
【樱花：我们的小霞也很漂亮的，换一个发型，就变得淑女起来。】
【小霞：......】
此时，华蓝道馆。
小霞看着黑光幕所展现出她与小智的相处，心里既羡慕开心又有些失落，她这个世界的小智太木头了，就是不知道什么时候能够改一下的。
或许他看完这个黑光幕的所播放出来的视频，就会通窍。
突然就很期待到真新镇的见面！