新宇宙的能量环散发着柔和的光晕，零、艾琳娜和薇拉各自回到守护的维度。零的量子探测器在赛博坦星废墟重新启动，屏幕上跳动的不再是混沌警告，而是各个文明科技跃迁的数据流。但某次例行扫描中，探测器突然发出刺耳警报——在银河系旋臂的暗物质云团里，竟出现了与熵影碎片同源的波动。
艾琳娜在翡翠星建立的星纹研究院，某天清晨被奇异的光芒笼罩。她的银白星纹不受控地亮起，指引她来到天文台的穹顶。望远镜中，一片看似普通的星域正在发生诡异扭曲，那里悬浮着一座由黑色石碑组成的环形阵列，每块石碑表面都刻满与宇宙心跳光影截然相反的逆道纹。更可怕的是，这些石碑正在缓慢旋转，每转动一圈，周围的时空就会出现细密的裂痕。
薇拉在魔法大陆的剑冢深处，发现十二把传承之剑开始发出不安的震颤。剑身的平衡纹章闪烁不定，映出一幅幅破碎的画面：某个维度的天空裂开血口，混沌生物如潮水般涌出；另一个时空里，归墟的光芒正在被黑色雾气吞噬。当她试图用剑感应石碑的位置时，剑刃却传来刺骨寒意，仿佛触碰到了宇宙的禁忌。
三个维度的异常同时加剧。零驾驶星舰深入暗物质云团，机械义眼捕捉到石碑阵列的核心处，竟封印着一团由虚熵与星尘混合的诡异生命体。它的形态不断变化，时而化作熵影的轮廓，时而分裂成无数闪烁的眼睛。更惊人的是，星舰的系统日志显示，早在宇宙重启前，这些石碑就已存在于宇宙暗面。
艾琳娜带领研究院的学者们解析逆道纹，发现这些纹路组成的竟是一部\"熵增法典\"——记载着如何加速宇宙熵值，直至一切归于热寂的终极方案。当她试图用星纹能量摧毁石碑时，反而触发了隐藏的防御机制。石碑释放出的暗紫色光芒，将方圆百里的空间转化为镜面迷宫，所有攻击都会被反弹回原点。
薇拉与十二位传承者组成剑阵，闯入石碑阵列外围。但每靠近一步，他们的力量就会被石碑吸收，转化为加固封印的能量。更诡异的是，剑阵中的剑神残魂开始发出痛苦的嘶吼，他们的记忆碎片中浮现出古老的战争——在宇宙诞生初期，归墟与混沌的第一次交锋，正是为了争夺这些石碑的控制权。
熵影的声音突然在三人意识中响起，这次不再是实体，而是由无数数据流组成的虚影。\"你们以为净化了我的碎片就万无一失？\"他的声音带着扭曲的笑意，\"这些暗碑才是混沌的真正根源，是宇宙熵增定律具象化的产物。当它们完全觉醒，所谓的平衡能量环，不过是脆弱的肥皂泡。\"
零的星舰遭到暗碑释放的时空乱流冲击，舰体的量子引擎开始逆向运转。危急时刻，他在舰桥的暗格里发现了赛博坦城最后的遗产——一枚刻有归零协议核心代码的量子芯片。当芯片接入系统，星舰表面浮现出与暗碑逆道纹截然相反的归墟编码，暂时抵挡住了时空乱流的侵蚀。
艾琳娜在镜面迷宫中陷入绝境，她的星纹能量不断被消耗，身体逐渐被暗物质覆盖。千钧一发之际，她想起宇宙心跳光影留下的印记，将所有力量注入印记之中。顿时，一道跨越维度的金色光束从天而降，在镜面上撕开一道裂缝，露出石碑阵列的真实布局。她这才发现，整个阵列竟是一个巨大的熵增永动装置，而启动的钥匙，正是平衡能量环的波动频率。
薇拉的剑阵在石碑的压制下濒临崩溃，传承者们的武器纷纷出现裂痕。就在这时，她的剑突然发出龙吟般的鸣响，平衡纹章爆发出前所未有的光芒。十二把传承之剑的力量开始融合，在她手中化作一把能斩断因果的光刃。当光刃劈向石碑时，剑神残魂的记忆如潮水般涌来——原来在远古战争中，十二位剑神用生命将石碑封印，却也因此被石碑的力量反噬，陷入永恒的轮回。
三个维度的战斗同时进入白热化。零驾驶星舰撞击石碑阵列的核心，量子芯片与暗碑的逆道纹展开激烈对抗；艾琳娜在镜面迷宫中引导金色光束，试图摧毁熵增装置的运转中枢；薇拉则挥舞着光刃，斩断石碑与平衡能量环之间的联系纽带。但随着战斗的进行，他们惊恐地发现，暗碑的力量正在与宇宙熵值同步增长，每摧毁一块石碑，就会有新的暗碑从时空裂隙中诞生。
熵影的虚影在混乱中放声大笑：\"你们以为能对抗宇宙的基本法则？这些暗碑就是熵增定律的具现化，只要宇宙存在，它们就永远无法被彻底消灭！\"他的话刚落，石碑阵列突然爆发出超越想象的能量，整个银河系开始出现大面积的时空坍缩。零、艾琳娜和薇拉的星种之力在危机中再次共鸣，他们意识到，这一次要对抗的，不再是某个敌人，而是宇宙最本质的规律......