一场改革的兴起，必将源于思想的变迁和整合。而正是在一次次的军事交锋和政治角逐中，吴起逐渐形成了自己独特而深邃的军事理论。
《汉书艺文志》一书中就集中着录了《吴起》48篇，可惜后来佚失，流传至今还剩下《吴子》6篇，即《图国》、《治兵》、《论将》、《料敌》、《变化》、《励士》，这应该是后人借着吴起的名声而作。当然，其中也继承了吴起大量的谋略和思想，吴起注重国家军事力量的加强，同时还争取国家和军队集团内部的协调与统一，一旦国家出现“四不和”，就只能止戈息武。换一个角度说，就是强调一个国家内部要“和”才可以出兵打仗；打仗之前军队内部要“和”才可以出征；出征列阵，每一个环节都要“和”才可以进战；具体到战场之上，军队作战相“和”才可以获胜。也就是通常所说的：“内修文德，外治武备”。
在《吴子兵法》的《国图篇》中也提到，对于士兵而言，如果知道君王能够爱其命、惜其死的话，即使碰到危难，将士也会以进死为荣，以退生为辱。如此，便能够上下一心、众志成城。
孙武在《孙子兵法》中早就提出了“知己知彼，百战不殆”的思想，被后人引为军事上的不朽概论。吴起在其军事思想中，也继承了孙武的思想，并在《料敌》篇中提出，了解和分析敌情，对整个战场敌我双方的优劣进行评估，具有十分重要的战略意义。
在《应变》篇中，吴起根据战场局势千变万化，随时根据实际调整战略部署的思想，论证了如何应对仓促迎敌，敌众我寡、敌人断我后路、敌人凭借险要殊死顽抗甚至是四面楚歌等战场情况。
此时的魏国，虽然表面看起来无比的强大，但是在军士的战力和勇力上，比之秦国的老弱残兵尚且有所不如。运筹帷幄之中、决胜千里之外，在吴起的眼中，不过是一句大话、空话。面对战场局势的千变万化，再完美的计划也赶不上变化，一支军队要在战争中取得胜利，完全依靠数量是不行的。相比于数量，其质量更为可贵。一支战无不胜攻无不克的军队，必要有优秀的将领和卓越的士卒，二者相辅相成，严格赏罚和训练，统一号令。
于是，训练魏武卒的思想，便在吴起的心中产生。
吴起认为，要让一个士兵安心地离开家园、离开父母、离开妻子儿女，就必须要免除其后顾之忧，使鳏、寡、孤、独、废、疾者皆有所养、有所依、有所仗，更要让军士齐心、奋勇杀敌。所以，吴起将魏军帐下的士卒家中的徭役赋税等全部免除，严格标准以选拔魏武卒。
正如一匹劣马无论多么拼死劳力，也不可能日行千里一样，一支素质不合格的军队，无论其士卒多么肯拼命，也无法达到战略目的。所以吴起开始挑选兵士，他要打造一支转战天下而不败的铁军。要想入得吴起的法眼，一个士兵的体力必须过硬，他必须在半日内跑完整整一百里。如果轻装上路，也许很多人都能进入吴起的军队。难就难在参加考试的人必须身着全身铠甲，另外还要背负十二石的弩弓（一石约合今天30千克，十二石就是360千克，不过这只是说弩弓的拉力，而非其重量，否则恐怕无人能够达标）、50支箭，还要手上持戈、腰上挎剑，携带三日口粮！即使在营养丰富、训练技术已有很大提高的今天，一个士兵要达成这样的任务也不容易，可以想见吴起的标准是多么高，又可见他心中对这支未来的铁军抱着多大的希望。
在如此苛刻的条件下，吴起还是挑选出了一些人。吴起当众宣布：“从今日起，你们家里的徭役和田宅租税全部免了！”欢声雷动。但他们也做好了吃苦的准备，因为吴起对他们的要求只会更严格，他们执行的任务也只会更危险。千锤百炼，这支队伍终于可以上战场初试啼声了——这就是战国初期名震列国的魏武卒。
吴起带兵，不辞辛劳，放着可口的美味不吃，空着华丽的帐篷不睡，而是与贫苦的士卒同吃同住。行军时，他留着车马不乘不骑，而他自己的粮食也像普通士兵那样亲身背在身后，兵士们看了，都觉这位将军与别个不同，他是“自己人”。但是，仔细想想就知道，这个杀了自己的妻子来换取为将带兵之权的人，他心中不可能有这么多的温情，所以这都是吴起收买人心的手段。这些手段都见效了。有一次，一个士兵身上长了疮，吴起张开嘴巴，亲自为这位兵士吸脓，清理溃烂的伤口。这个兵士当时感动得热泪直流，而周围看着的兵士也都愿意为吴起以死效力。
但是，这个长疮兵士的母亲听说了这件事反而号啕大哭，以头抢地。旁人不解，就问她：“你儿子不过是一个普通士兵，吴将军亲自为他吸脓舔疮，你不觉高兴自豪反而哭哭啼啼，这到底是为什么”她哭道：“你有所不知，他父亲也曾在吴将军麾下做兵士，他也曾生疮流脓，而吴将军也俯身为他吸脓舔疮，于是他作战时就只知有将军号令而不知有自己，一往无前地向前冲，最后战死沙场，连尸首都没有找到。如今将军又为我儿舔疮，我将来要到哪里去收我儿的尸骨呢”
带着练成不久的魏武卒，吴起出任了西河郡守一职。西河是秦、魏两国交界处，此前两国已经在此打了七八年的拉锯战，双方互有攻守，互有胜负。然而吴起来了，情形一下子得到改观，他不想再与秦人耗下去了，他要的是一劳永逸地解决问题，将西河之地划入魏国的版图，叫秦人永远不能染指。于是他不再纠缠于具体战役的枝节，而是首先布下全面的战略部署。他从少梁出兵，急行军，迅速攻占元里（今陕西澄城南面）、临晋（今陕西大荔东面），又守之以重兵，在这一片建立了永久的堡垒工事。而临晋前面就是秦国重镇栎阳（今陕西西安市阎良区境内），栎阳的正前方就是秦国当时的都城泾阳。对于秦人来说，吴起已经达到了他们的家门口，这叫他们如何不心惊
就在秦人为自己的生死忧虑纠结之时，吴起又以迅雷不及掩耳之势挥兵直取郑地。如此，吴起已在秦国土地上狠狠划了一刀，刀锋起处在北面的庞繁，收处即是南面的郑地，两地之间以东，秦国只剩下洛阴（今陕西大荔东南）、合阳（今陕西合阳）两个据点，它们当然不久便被吴起轻松收入囊中。至此，整个西河与秦人再无干系，而这距吴起戍守西河之日才不过两年。
失去了西河，也就失去了东进的机会，若不能将之收复，秦国将始终被困在西方贫瘠的土地上，被人视作夷狄而无法翻身。于是不甘心的秦人屡次发动反击，想要夺回西河，但均被吴起坚守击破。
周安王十三年（公元前389年），秦人卷土重来，这次他们集结了50万的大军向东杀来，最后在魏国重镇阴晋城外列阵布营，情势危急万分。不过，自以为必胜的秦人再次被吴起打个落花流水，输得非常难看。
原来，吴起不仅始终未曾放松魏武卒的训练，而且为了保持其高昂的斗志和士气，还亲自设计出了一整套的激励机制。每次战胜后，他都请魏文侯在军中举办庆功宴会。这不是简单的庆功宴会，而是分成三六九等，正式如宫廷宴饮。首先，在战场上立了“上功”的兵士给请到第一排就座，他们的桌面上猪、牛、羊三牲俱全，且享用最贵重的金、银、铜等餐具；而立了“中功”的兵士则给安排到第二排，只能吃到猪肉，而且只能用铜餐具；最可怜的是那些寸功未立的兵士，他们只能坐在最后一排，而其餐具也不过是些陶罐，他们只能坐在别人看也不看或者投以鄙夷眼色的角落里，默默地看着那些立功的人满脸笑容地接受魏文侯的嘉奖，闻着他们觥筹交错之际酒杯激荡震散出来的酒香，这种感觉就好像自己是给人抛弃的孤儿。这还不算，宴会结束后，还在大门外对兵士的家属论功行赏，以嘉奖他们对家人投身行伍的支持，让他们觉得自己的付出都是值得的。
吴起的这种激励办法一直持续了三年。三年之后，只要有敌人来入侵，那么入伍的士兵不待将帅的命令就自发地穿好甲胄，准备好武器，因为他们的心里都憋着一股劲儿——希望自己能在下次的庆功大会上做到第一排，站在舞台的正中央！这次秦国50万大军来犯，魏文侯也有些慌了，他问计于吴起。吴起却胸有成竹，他只是将从未在战场上立功的士兵里挑出5万人，准备用他们来对付城外的秦人。
果然，这5万渴求立功的士兵上了战场，就像是饿久了的猛虎突然看到肥肥的羊群，于是个个以一当十，拼力厮杀。士兵作战勇猛，吴起又指挥得当，两个条件加在一起，终于将秦军击溃。阴晋之战也是军事史上少数以少胜多战役中的着名例子。此后，吴起在魏国的战神地位无人可以撼动。
由此可见，中国自古以来的第一位兵家大者的谋略是多么的强悍了！