如果说以上还不足以说明玄教和正一教的区别，那么再看一看张留孙的一系列行动。
成立玄教的第二年，张留孙就风风火火地来找忽必烈，提出来要大力发展武当山，并把它列入大元朝的五年计划里，列入国家重点工程项目中。忽必烈也同意了，首先是扩建五龙观，升级成为五龙宫，并且正式赐给官方名额。
五龙宫扩建完成后的1286年，忽必烈派叶希真去当住持，从此以后的五龙宫差不多成了中央直管单位了。五龙宫的扩建，带动了武当山的道教规模和地位的飞快提升，鼎盛时期甚至到了和龙虎山并驾齐驱的程度。《元史》记载，泰定二年（1325年）七月，元政府“代祭龙虎、武当二山”，天历二年（1329年）十一月，同样是政府安排“道士建醮于玉虚、天宝、太乙、万寿四宫及武当、龙虎二山”，其他还有，不再列举了。由此可见，经过张留孙的有意扶植，成功的为龙虎山树立起来一个相匹敌的对手。当然了，这里面有张留孙体会上意才为之的一方面原因，但谁又能说他不是出于本心的呢？武当山和龙虎山鼎立那一天起，玄教和正一教地位就不相上下了，同样，也没人认为他张留孙只是正一教的一员了。时间长了，从龙虎山出来的那些人眼里也只有张留孙没有张宗演了，当然也就只有玄教没有龙虎山了。
随着宠遇日隆，张留孙的政治地位越来越高，官也越来越大，每有国家大事，忽必烈也会请教一番。
成宗也数次去崇真宫视察工作，顺便看望老同志。大领导来了自然会有所表示，除了让张留孙可以奉旨大量收购周围百姓的土地以外，还拨专款用于宫观的扩建，顺便再听他给讲几段《南华真经》，提高一下自己的文化水平。成宗大德中（1297-1307），进一步加封张留孙上卿玄教大宗师，从宗师成功升级为大宗师了。
武宗时，张留孙的职称又升级了，这次直接成了大真人，而且是个实权官，当了集贤院的老大，权力也升格到管理全国道教事务，史书称此时他的权力和地位甚至还在大学士之上。
仁宗时，因为喜欢文治，所以经常招呼张留孙过来论道，被这个老道高深的学问所折服。延佑二年（1315年），进开府仪同三司，加辅成赞化保运玄教大宗师，这次专门用玉石刻了玄教大宗师印，后来又加封阐道宏教冲元仁靖大真人，七个弟子也分别封了真人、银印。
随着张留孙的地位的增加，玄教的地位增加，再加上有武当山的助力，一个成立不足四十年的教派地位已经不在龙虎山之下了。
英宗至治元年（1321年）十二月，弥留之际的张留孙对弟子们说：“经过我们的努力，如今玄教已经取得了巨大成绩，值得我们全体同仁欣慰了。不过我们不能忘记根本，我们是道教，教义是以清净无为为根本，慈俭不敢为天下先是宗旨。虽然我有幸得到了五代帝王的恩遇，这四十多年你们看到的可能只是玄教的昌盛，但是我一直战战栗栗如走钢线，深恐以后会失去这些，你们今后一定要注意恪恭乃事，慎之慎之啊。”交代完后事，端坐而逝。
到文宗天历二年（1329年），张留孙又被追赠为道祖神（应）德（佑）真君。
根据张留孙的安排，弟子吴全节接班袭了玄教大宗师的职位和集贤馆知事。这里需要解释一下玄教的教主嬗递方式，这又是和天师道世袭的不同之处。张留孙有七十五个弟子，接班人完全由每任的大宗师自己选择，就和太子接班当皇帝一样，接班人先当玄教嗣师，上任教主过世以后就接班。当然了最终还是需要报告给皇帝，得到皇帝的“玺书”才行。虽然玄教的接班人并不是世袭的，如果儿子的确是最适合接班的那就是另一回事了。
根据《道园学古录?陈真人道行碑》记载，“身为大宗师，择可以受其传者，非奇材异质不与也”。从吴全节以下，分别传了夏文泳、陆德隆和于有兴三代，也的确是唯才是用。
实际上，不仅教主的继承人是由上任教主亲定，就连玄教内部的各级管理人员的委派也和龙虎山的张天师没有关系，张天师的手是插不进玄教来的。为了进一步和龙虎山撇清关系，宣扬自己的独立性，甚至连张留孙的师承都经过了设计包装。在《敕赐玄教宗师之碑》中说，玄教虽然是从张留孙开始立教的，但是他的师门却可以向上追溯，从张思永、冯清一、冯士元一路传下来，再由七代胡如海传八代李宗老，这就是张留孙的上八代师傅。玄教的上八代传承是元政府设计的还是和玄教高层一起商量着设计的不太清楚，但是这种更改出身的做法，表达出与龙虎山划清界线的态度是不是太明显了，红果果的。
刚才说了，玄教内部的组织系统也是自己说了算的，龙虎山是没有权力染指的，而这种组织体系，也和龙虎山有所不同。教内最大的boSS自然是大宗师，当然背后还有一个皇帝当董事长，下面就是嗣师，也就是下任大宗师了。再向下则根据政府的行政划分来设置了，行省的领导是都提点，路的领导是道录和道判，州的是道正和道判，县里则是威仪，最基层的自然就是各宫观了，设住持、提点和提举等职位。
除了上述的区别以外，玄教有别有正一教还有一些方面，比如玄教表现在信仰和术法方面的特点是什么都有，显得很驳杂，道家的各门派、儒家的、佛教的，自己用得到的都拿来用，还包括政府需要的也拿来用，特别是儒学化方面表现得尤为突出。
还有一点比较突出，也是玄教区别于其他教派的一个特点，就是它是由元政府扶持产生的，天然就和蒙古人绑在了一起，一荣俱荣，一损俱损，和其他教派相比却少了底层人民的信仰这一坚实基础。结果估计道友们也能猜到，随道蒙元帝国的灭亡，失去了依附，没有群众根基的玄教必然会消失。
玄教退市以后，不再有重组的可能了，于是那些道士只好自谋出路，一部分向龙虎山投了简历。转了一圈，龙虎山失去的实际上又回来了，所以说笑到最后才最重要，龙虎山一直会传承下去，玄教呢，只能在史料中寻找痕迹了。
综合以上来看，玄教和正一教还是存在着很大的差别的，学术界认为二者是主从关系或一教二名的关系是不是都不太恰当？