学习性命双修的大道以后，刘一明便一边在西北行医游历，一边修炼金丹，45岁那年他来到了栖云山。栖云山现在是四家级4A景区兴隆山内的一座山峰，离兰州市区不远，有些资料上说刘一明在栖云山传道，有的文献上则说是在兴隆山，道友们清楚二者的关系就好了。栖云山的自然生态环境自然是极佳的，原来也是修道的洞天福地，可惜当时宫观建筑破败得太过厉害，满眼一片残砖断瓦，哪还有一点修行圣地的样子。于是，刘一明下决心要重修兴隆山，恢复当年的盛况。
这么大的工程显然不是他一个人能完成的，不过这都不是事儿，这么多年在西北游历，一手医术活人无数，高官、土豪谁不想和他套套近乎？于是，刘一明站在山头上振臂一呼，四方响应，有钱的出钱，没钱的出人，仅用了两年的时间，上山的石阶修补好了，倾颓的建筑也立起来了，久违的晨钟暮鼓和袅袅香烟也重现了，初显了名山圣境的样子。
当然了，那时候的盖房子的水平还远远没有达到如今基建狂魔的万一，虽然有大量信众的支持，前也后花了14年，才最终完成了整体工程。此时，刘一明倒背双手，在山脚下抬头仰望，只见青石台阶蜿蜒山间，串起62座庄严肃穆的主体建筑，错落山间的还有二十处雅致景观，最重要的是十几年来有大量的弟子门人成长起来了，这才有八方香客信徒络绎不绝，慕名而来的同道高人也越来越多，兴隆山真正成为了西北的道教圣地，嗯，是时候闭关写点文章了。
修了这么多宫观，刘一明并没有给自己安排个别墅住，甚至连一间小房间都没有，而是一直在山上的一个小石洞中修炼，还自娱自乐给它起了个名字——自在窝。
刘一明在西北有很多传说，关于这个自在窝也有一个小故事。
传说吕洞宾曾经三次来点化刘一明，但都被他不识真仙错过了，反而他的一个每天赶着骡子从山下运水的弟子得了仙缘。刘一明事后自然非常懊悔，于是就搬到了弟子住的地方，每天静修悟道，这就是自在窝。有道友问了，他搬到自在窝住了，弟子住哪啊？弟子已经先于他修成正果，成仙了。
另外，这头运水的骡子也有故事，是他的一个弟子为了还债转世的，被刘一明领回山上来的。从这些故事可以看出，刘一明在民间，当然主要是在西北还是有相当的影响力的，除了他的医术高超以外，主要还是因为他的道法高深，在老百姓的眼中，他就是个神仙人物。
当年刘一明住的自在窝1991年被重装修过，条件比当年好了很多，不但分了上中下三层的跃层结构，而且在外面还安了一个大门。
就这样，刘一明一边在兴隆山着书立说，一边传道授业。在他82岁的时候，该写的心得笔记也都写完刻印了，感觉一身轻松，随手写了一首《绝言歌》抒怀。这首诗被后人附在了《通关文》的后面，能看得出来，刘一明当时有一种心愿尽了，封笔江湖的意境在里面。
就这样又在山中安心过了几年清静日子，道光元年（1821年）正月初八立春亥时，刘一明自己走进了早就修好的墓里面，顺便把一众弟子叫了过来，看大家排队立正后，还真有向遗体告别的仪式感，于是留下一句“性命为重，功行为先”后便羽化了。
与他同时代的，远在南方的，也是龙门派第十一代弟子的闵一得得知刘一明羽化后，感慨颇多，在他看来，刘一明绝对称得上是全真龙门派的一代宗师，水平比自己高太多了，用他的话说自己和他比，就是小巫见大巫，这当然是人家自谦的话，也是对死者的尊重。
南怀瑾对刘一明也非常认可，在讲座时曾多次说过：“清代学者颇多，而以乾嘉道学着者刘悟元、朱云阳二人为其翘楚，尤以刘悟元之说理修炼，纯主清净，力排方士诸说，参合佛理要旨，于丹道法中，又别创一格。”朱云阳又叫朱元育，在前面提到过的，南怀瑾认为他所注的《参同契》是最好的，个人感觉也确实如此，另外他注的《悟真篇》也值得一看。
简单讲完刘一明的生平，下面先讲一讲他的传承问题。
学术界比较统一地认为刘一明是龙门派的第十一代传人，有些人说是第十一代宗师，总之他是全真龙门派的。上面也讲过，刘一明有两位重要的传道者，一个是龛谷老人，一个是仙留丈人，这两位的资料又不多，也没有明确的记载他们是龙门派的弟子。除了他们二位以外，无论是刘一明自己写的东西里面还是其他文献里面，至今还没有发现有关他的师承以及什么时候、在哪里皈依的记载，要知道龙门派是有传戒的，特别是从王常月以后，入门是很讲究仪式感的。有道友可能会说，龛谷老人传了他丹理，仙留丈人传了他丹法，这二位的法脉传承虽然还没有查到，但是看丹法内容应该是龙门派的吧。当然，通过刘一明在西北的活动，留下的着作等可以推测他是龙门派的传人，但是目前只能说是推测。
挺有意思的是，闵一得有很多和他相似的地方，比如也是因为体弱多病才与道结缘，二人一南一北，同样是继王常月以后重振龙门法脉的，不过闵一得是有明确的师承——龙门第十代传人高东篱。
刘一明的主要作品有《易理阐微》《孔易阐真》等，嘉庆二十四年（1819年），他的着作及注疏被汇集刻印成册，名称为《道书十二种》。从刘一明的着作中可以看得出来，诸如《参同契》《悟真篇》《西游记》《周易》等是他极为看重的。
《修真辨难》是他的第一本着作，是在内丹理论体系完善以后开始写的，讲了他对丹道的理解，比如宇宙观、生命观以及修炼方面的一些东西。
《神室八法》是第二本书，写得很直观易懂，讲了讲对修道的要求，是对《修真辨难》的补充，并且提出了混俗和光的重要性。
《修真九要》则是讲的修道的顺序和步骤，从勘破世事到外药了命的九步逐渐升级的功夫。
《指南针》是刘一明完成《修真九要》三年后，有感道门衰落而写的，实际上也是对以前所写的东西的一次总结。（内有《修真九要》《神室八法》《阴符经解》《黄庭经解》《金丹四百字解》《敲爻歌直解》《百字碑注》）。
《悟道录》，是他借外丹之法讲内丹的修炼，主要是想为修道者指点迷津。
《通关文》，这也是给后来的修道者写的，4万多字，讲了50个关口，诸如荣贵关、财利关、穷困关、患难关、嫉妒关、口舌关、嗔恨关、酒色关等，这些都是修性必须要破除的关隘，只有一一克服，心性上才能日趋圆润。比如色欲关，刘一明把它放在了第一来讲，看来古今情色这一关都是很困难吧。
吕洞宾曾有首诗：
二八佳人体似酥，
腰中仗剑斩愚夫。
虽然不见人头落，
暗里教君骨髓枯。
刘一明说，色欲是人生最要命的第一大关口，最恶最毒，酒色财气四堵墙，跳不出去，谈什么长生？更多的内容不讲，单纯从这些关口上看，其实对于普通人来说，这些关口同样需要注意，不为修道，只为做人，从这个角度上看，《通关文》可以说是一篇鸡汤文。
最后是《象言破疑》，成书于刘一明羽化前十年，算是对自己的以往所学的一个总结，特别是对以前所讲过的一些理论进一步加以了解释。
以上这七部书，就是刘一明最重要的作品，是他用了二十多年对自己一生修道感悟的总结，对中国道教内丹学的发展有着重要的影响。此外，刘一明还留下了大量的注释，主要的包括《西游原旨》《易理阐真》（包括《周易阐真》和《孔易阐真》）、《参同契直指》《悟真直指》《无根树解》《道德经会义》《会心集》等。还有《心经解蕴》《金刚经解目》两篇佛经的注释，《眼科启蒙》、《经验奇方》《经验杂方》《杂疫症治》《痧胀全书》《瘟疫统治》等六部医学着作。
刘一明的医术相当高，否则也不会有那么多的医书传世了。前面讲傅山医术高，还善于利用心理疗法，其实刘一明在这方面也有不俗的表现。道友们都知道，符箓经常用来治病的，这从张道陵开始就开始了，所以道士们多少都要学点符咒方面的技能。实际上用咒语治病并非完全就是迷信，没有一点科学依据的，相反它是一种精神心理的治疗方法。相关的科学实验也有人做过，诸如暗示一个人的腕动脉被割开了之类的，古今中外巫咒对于强化人的意识的例子更是多如牛毛吧。道友们身边一定不乏类似的例子，比如被确诊为同一类型癌症晚期的人，求生欲的强弱对于生存时间的影响相当明显吧。刘一明在他总结的医方中就多次用到了咒语，无论他是不是意识到这是一种心理疗法，总归他已经在用了，而且是有大量实践验证有效后才这么做的。
2012年，甘肃省卫生厅评选过“甘肃古代十大名中医”，刘一明成功入选，虽然排在了第七位，不过成就差不多是排在第一位。
其他的，刘一明还写过一些诗词歌赋、杂文、楹联等，可见其在文学方面也是有一定的造诣的。